Умирающий старик так ярко описывает события своего детства, что кажется, они произошли только вчера. «Как странна выдержка детских впечатлений!» – замечает Пирогов. – Почему и для чего уцелели все эти впечатления, да так, что воспоминание об одном неминуемо влечет за собою и целый ряд других?»

Он вспоминает, как впервые увидел Василия Степановича Кряжева: «Предо мною стоит, как теперь вижу, небольшой, но плотный господин с красным, как пион, лицом; волоса с проседью; на большом, усаженном угрями носе серебряные очки; из-под них смотрят на меня блестящие, умные, добрые, прекрасные глаза, и я люблю вместе с ними и это багровое, как пион, лицо, и белые руки, задававшие не раз пали моим рукам; слышу симпатичный, но пронзительный и сотрясающий детские сердца голос.

И, слыша этот грозный некогда голос, вижу себя, как наяву, прыгающим по классному столу под аплодисменты сидящих по обоим сторонам стола зрителей: это – ученики, соскучившиеся ждать учителя. Вижу – дверь разверзается, очки, красное лицо; несутся по классу приводящие в ужас звуки; я проваливаюсь чрез стол, и затем уже ничего не помню: пали линейкою и стояние на коленях без обеда сливаются в памяти с подобными же наказаниями за другие проступки».

Многие страницы «Дневника» рассказывают о пансионе, его обитателях, особенностях обучения, пристрастиях и антипатиях к тому или иному предмету.

«Пережитое время, оставаясь в памяти, кажется то более коротким, то более долгим; но обыкновенно оно укорачивается в памяти, – замечает Пирогов. – Прожитые мною 70 лет, из коих 64 года наверное оставили после себя следы в памяти, кажутся мне иногда очень коротким, а иногда очень долгим промежутком времени. Отчего это? Я высказал уже, какое значение я придаю иллюзиям. Нам суждено – и, я полагаю, к нашему счастью – жить в постоянном мираже, не замечая этого.

…Моя иллюзия представляет мне Вселенную разумной и деятельность действующих в ней сил целесообразной и осмысленной, а мое «я» – не продуктом химических и гистологических элементов, а олицетворением общего Вселенского Разума… Для меня существование Верховного Разума и верховной воли сделалось такой же необходимостью, как мое собственное умственное и нравственное существование».

Пирогов размышлял на страницах «Дневника» о назначении разума, его функциях. Он полагал, что мозг – исключительный орган индивидуального сознания. Мышление же зависит от мозга настолько, насколько он есть орган слова и ощущений, приносимых различными органами. Но Пирогов оставлял открытым вопрос о том, откуда же в нем берется сознание нашего «я».

Много места в дневнике занимают рассуждения о вере, которую ученый считал психической способностью человека, более всех других отличавшей его от животных, о мировых религиях, среди которых он отдавал предпочтение христианству: «Для меня главное в христианстве – это недостижимая высота и освещавшая душу чистота идеала веры, ибо там выше законов нравственности поставлен был совершенно в другой сфере идеал неземной и вечный – будущая жизнь и бессмертие».

В подготовительных зарисовках к своим мемуарам Николай Иванович вспоминал, как встречался с Джузеппе Гарибальди и Львом Толстым, с Менделеевым и Склифосовским, Чайковским, скольким великим землякам и простым людям помог советом, рекомендациями, операциями и даже добрым словом.

Его дневник обрывается на воспоминаниях о первой жене Екатерине Дмитриевне (урожденной Березиной): «В первый раз я пожелал бессмертия – загробной жизни. Это сделала любовь. Захотелось, чтобы любовь была вечна – так она была сладка… Со временем я узнал по опыту, что не одна только любовь составляет причину желания вечно жить. Вера в бессмертие основана на чем-то еще более высшем, чем самая любовь. Теперь я верю или, вернее, желаю верить в бессмертие не потому только, что люблю жизнь за любовь мою – и истинную любовь – ко второй жене и детям (от первой); нет, моя вера в бессмертие основана теперь на другом нравственном начале, на другом идеале».