Г.К. Жуков и Н.Г.Кузнецов (в центре) во время Потсдамской конференции в качестве военных советников. Июль, 1945.

25 февраля 1946 года самостоятельный Наркомат ВМФ СССР был упразднён и Военно-Морской Флот был включён в состав объединённого Наркомата Вооружённых Сил СССР. Кузнецов был назначен главнокомандующим ВМФ – заместителем Наркома (затем Министра) Вооружённых Сил СССР.

Николай Герасимович Кузнецов не раз попадал в опалу. В январе 1947 года в результате разногласий со Сталиным по поводу программы дальнейшего развития ВМФ был снят с поста Главкома и в феврале 1947 года назначен начальником Управления военно-морских учебных заведений.

12 января 1948 года Кузнецов вместе с группой адмиралов (Л.М. Галлером, В.А. Алафузовым и Г. А. Степановым) был предан Суду чести Министерства Вооружённых Сил СССР под председательством Маршала Советского Союза Говорова. Обвинение состояло в том, что в 1942—1944 годах они без разрешения Правительства СССР передали Великобритании и США секретные чертежи и описания высотной парашютной торпеды, дистанционной гранаты, нескольких корабельных артиллерийских систем, схемы управления стрельбой, а также большое количество секретных морских карт. Суд чести признал их виновными и постановил ходатайствовать перед Советом Министров СССР о предании виновных суду Военной коллегии Верховного суда СССР. 2 – 3 февраля 1948 года Военная коллегия Верховного суда СССР признала Кузнецова виновным в предъявленных ему обвинениях, но, учитывая его большие заслуги в прошлом, постановила не применять к нему уголовного наказания. Одновременно Военная коллегия постановила ходатайствовать перед Советом Министров о снижении Кузнецова в воинском звании до контр-адмирала. Остальные обвиняемые были осуждены на различные сроки заключения.

С июня 1948 Кузнецов – заместитель Главнокомандующего войсками Дальнего Востока по военно-морским силам. С февраля 1950 – командующий 5-м военно-морским флотом на Тихом океане. В январе 1951 года Кузнецову было присвоено «очередное» воинское звание – вице-адмирал. 20 июля 1951 года Кузнецов вновь возглавил флот как Военно-морской министр СССР (до 15 марта 1953 года), но звание адмирала флота было возвращено только 13 мая 1953 года – после смерти Сталина и снятия судимости. В 1953 – ах Кузнецов – первый заместитель Министра обороны СССР – Главнокомандующий ВМФ. 3 марта 1955 года его звание переименовано в Адмирал Флота Советского Союза и ему вручена Маршальская Звезда. В этот период Кузнецов уделял большое внимание технологическому перевооружению флота, в частности, развитию авианосцев.

Маршал Жуков К.Г. и Адмирал Флота Советского Союза Кузнецов Н.Г..

Однако у него быстро испортились отношения с министром обороны Маршалом Советского Союза Г. К. Жуковым, с которым они не вполне ладили ещё во время войны. В декабре 1955 года Кузнецова под предлогом виновности во взрыве на линкоре «Новороссийск» сняли с должности (хотя в это время он находился в отпуске по болезни), а 17 февраля 1956 года он понижен в звании до вице-адмирала и отправлен в отставку с унизительной формулировкой «без права работать во флоте».

После отставки Жукова в 1957 году и Хрущёва в 1964 году группа ветеранов ВМФ неоднократно ходатайствовала перед правительством о том, чтобы Кузнецов был восстановлен в звании и устроен в Группу генеральных инспекторов Министерства обороны. Тем не менее, все эти инициативы наталкивались на противодействие главкома ВМФ, преемника Кузнецова, С. Г. Горшкова. Но только в 1965 году, в год 20-летия победы, Н. Г. Кузнецов был назван среди выдающихся военачальников, и он стал постепенно входить в общественную жизнь. Однако даже посмертно Кузнецова не удавалось восстановить в звании.. Лишь 26 июля 1988 года Кузнецов Н.Г. был посмертно восстановлен в звании Адмирала Флота Советского Союза.