Процесс постепенного реформирования региональных органов государственной власти был прерван Указами Президента РФ от 21.09.1993 №1400 «О поэтапной конституционной реформе в Российской Федерации» и от 09.10.1993 №1617 «О реформе представительных органов власти и органов местного самоуправления в Российской Федерации». Вслед за этими документами появляются новые указы, касающиеся, прежде всего, представительных органов субъектов Федерации и представительных органов местного самоуправления – Советов.

Важным этапом преобразования исполнительных органов субъектов Федерации стал Указ Президента РФ от 22.10.1993 №1723 «Об основных началах организации органов государственной власти в субъектах Российской Федерации на период поэтапной конституционной реформы» и утверждённое им Положение96. В частности, Положением устанавливалось, что руководство деятельностью администрации осуществляется главой соответствующей администрации, наименование органа исполнительной власти (администрация, правительства и т.п.) и его главы утверждается соответствующим законодательным (представительным) органом с учётом исторических, национальных условий и традиций субъектов РФ. Положением определялся статус, компетенция, основные гарантии деятельности глав администраций краёв, областей,… их взаимоотношения с федеральными органами исполнительной власти и законодательными органами субъектов.

Процесс создания оптимальных форм организации исполнительных органов государственной власти российских субъектов наглядно просматривается на поиске названия данных органов, на порядке их формирования и объёме компетенции97.

Так, в президентском Положении от 22.10.1993 г. №1723 наряду с термином «администрация» широко использовался термин «правительство», который, по мнению многих государствоведов, «более определён и чёток, отражает характер и структуру данного органа»98. В последующих нормативных правовых документах, в том числе и указах Президента РФ, данный термин уже не употребляется, хотя в отдельных краях, областях, … успели появиться «правительства»99.

Если в преамбуле Положения глава администрации был назван «губернатором», то ниже он именуется только лишь «главой администрации».

В соответствии с Указом Президента РФ от 07.10.1993 г.100, глава администрации края, области, … уже не избирался населением, а назначался Президентом по представлению Председателя Правительства РФ, без учёта мнения представительного органа и населения субъекта. А это значит, что ответственность он нёс только перед федеральными органами.

Опираясь на эти указы и действия Президента РФ по разгрому Съезда и Верховного Совета РФ, в краях, областях, … начался разгон региональных и местных Советов101 и реорганизация государственных органов власти и управления и органов местного самоуправления, приведшая к бесконтрольной деятельности глав администраций этих субъектов РФ в течение длительного времени. При этом зачастую данная работа шла с молчаливого согласия депутатского корпуса и с нарушением существующего законодательства102.

Главы администраций краёв, областей, … своими постановлениями произвели перераспределение исполнительно-распорядительных функций, закреплённых законодательством РФ за Советами, часть из них переходила к администрации края, Причём многие такие постановления опубликованы не были103. Одновременно прекращалась деятельность районных и городских, районных в городах, городских в районах, поселковых, сельских Советов народных депутатов, а их функции возлагались на местные администрации104.

Но наиболее существенные изменения в системе исполнительной власти субъектов РФ произошли в годы после принятия новой российской Конституции (12.12.1993 г.), установившей, что система органов государственной власти российских субъектов устанавливается субъектами РФ самостоятельно в соответствии с основами конституционного строя Российской Федерации и общими принципами организации представительных и исполнительных органов государственной власти, установленными федеральным законом (ч. 1 ст. 77 Конституции РФ), а структура органов местного самоуправления определяется населением самостоятельно (ч. 1 ст. 131 Конституции РФ).