Положения ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», устанавливающие порядок организации и проведения проверок, также не применяются:

1) к мероприятиям по контролю, при проведении которых не требуется взаимодействие контрольно-надзорных органов и юридических лиц, индивидуальных предпринимателей и на указанных лиц не возлагаются обязанности по предоставлению информации и исполнению требований органов государственного контроля (надзора), органов муниципального контроля. Например, осуществление мероприятий по контролю (надзору) за соблюдением «законодательства» Российской Федерации о средствах массовой информации учредителями, редакциями, издателями и распространителями средств массовой информации, государственными органами, организациями, учреждениями, предприятиями и общественными объединениями, должностными лицами, журналистами, авторами распространенных сообщений и материалов, вещателями, при проведении которых не требуется взаимодействие уполномоченных на осуществление государственного контроля (надзора) органов с проверяемыми (контролируемыми) лицами. Данный вид государственного контроля и надзора регламентирован Постановлением Правительства РФ от 03.02.2012 № 75 «Об утверждении Положения об осуществлении мероприятий по контролю (надзору) за соблюдением законодательства Российской Федерации о средствах массовой информации, при проведении которых не требуется взаимодействие уполномоченных на осуществление государственного контроля (надзора) органов с проверяемыми (контролируемыми) лицами»);

2) при проведении оперативно-розыскных мероприятий, производстве дознания, проведении предварительного следствия, осуществляемых на основании ФЗ «Об оперативно-розыскной деятельности»;

3) при осуществлении прокурорского надзора, регламентированного ФЗ «О прокуратуре» (за исключением случаев проведения органами государственного контроля (надзора), органами муниципального контроля проверок по требованию прокурора), правосудия и проведении административного расследования;

4) при производстве по делам о нарушении антимонопольного законодательства Российской Федерации, осуществляемого на основании ФЗ «О защите конкуренции» и Приказа ФАС России от 25.05.2012 № 339 «Об утверждении административного регламента Федеральной антимонопольной службы по исполнению государственной функции по возбуждению и рассмотрению дел о нарушениях антимонопольного законодательства Российской Федерации»;

5) при расследовании причин возникновения аварий, несчастных случаев на производстве, инфекционных и массовых неинфекционных заболеваний (отравлений, поражений) людей, животных и растений, причинения вреда окружающей среде, имуществу граждан и юридических лиц, государственному и муниципальному имуществу;

6) при расследовании причин возникновения чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера и ликвидации их последствий;

7) при проведении проверки устранения обстоятельств, послуживших основанием назначения административного наказания в виде административного приостановления деятельности;

8) к мероприятиям по контролю, направленным на противодействие неправомерному использованию инсайдерской информации и манипулированию рынком;

9) к мероприятиям, проводимым должностными лицами пограничных органов при осуществлении своих полномочий во внутренних морских водах, в территориальном море, на континентальном шельфе и в исключительной экономической зоне Российской Федерации, а также в Азовском и Каспийском морях.

По основаниям, предусмотренным ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей», межотраслевое законодательство в сфере государственного контроля и надзора дополняют нормативные правовые акты Правительства РФ, Генеральной прокуратуры и Минэкономразвития России, изданные на основании ст. 8, 9, 10, 16 ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей».