Монастырь Бертубани был основан в самом конце XII в. Вместе с кельями и церквами в скалах сразу была высечена большая трапезная, которая представляла собой зал с плоским потолком и входом в один широкий пролет.

Нашествие татаро-монголов нанесло большой урон Гареджийским монастырям. Некоторые из них были разграблены, а Бертубани угас совершенно. Другие обители если и не опустели окончательно, то значительно сократились по числу монахов. К тому же по прошествии некоторого времени на Грузию двинулись армии «железного хромца» Тимура, которые довершили монгольское опустошение.

Начиная с XV в. Гареджийские монастыри существовали настолько скудно, что не могли управлять даже собственными земельными угодьями. Опустели все обители, кроме Додос-Рка и самой лавры. Но царь Александр (1412–1442), который стремился восстановить Грузию, для чего не жалел усилий, не оставил без своего внимания и Гареджийскую пустынь. Но до середины XVI в. все сводилось к тому, чтобы сохранить в оставшихся монастырях хотя бы насельников.

Последующие грузинские цари, а также кахетинские богачи стали жертвовать в обители вклады. На их пожертвования (например, Я. Чавчавадзе и др.) во второй половине XVI в. началось возведение церквей и сторожевых башен, и среди них – башня Чичхитури, ставшая форпостом лавры и до настоящего времени сохранившаяся лучше других. Хотя часть верхних ее этажей обвалилась, но исследователи установили, что была она трехэтажной. В нижний этаж вела дверь, а на каждый следующий этаж поднимались по приставной лестнице в отверстие, находившееся в своде. Подобные башни были в Додос-Рка.

В нижнем дворе лавры до сих пор сохранились пещеры святых Давида и Лукиана, которые, по предположениям исследователей, были естественного происхождения, а уж потом их приспособили под жилье. Остальные пещерные кельи и церкви вырублены в скалах. Грузинские реставраторы обновили древние стены, исправили во дворе обе башни, одна из которых (более монументальная) называется «башня царя Александра». Она названа в память о ее строителе – кахетинском царе, затворившемся в лавре и погребенном в пещерной во имя церкви святителя Николая в самом начале XVII в. В этой башне сохранились следы фресковой живописи XVII–XVIII вв.

Если подняться на вершину Гареджийского кряжа, то сверху можно увидеть на севере башню соседнего монастыря Додос-Рка, а чуть восточнее – башню Чичхитури. В ясный день, когда прозрачны бесконечные горные дали, на фоне снежных вершин Кавказа виден весь Тбилиси с горой Мтацминда и крепостью Нарикала.

Двигаясь от лавры Давид-Гареджи вдоль кряжа на восток, можно добраться до развалин монастыря Бертубани, который сыграл особую роль в развитии гареджийской фресковой живописи. На стенах монастырской пещерной трапезной и церкви были созданы образцы духовной живописи великим мастером, имя которого до нас, к сожалению, не дошло. Но даже копии этих удивительных фресок, сделанные в 1920-е гг. для организации в Берлине выставки грузинского искусства, произвели огромное впечатление на западных искусствоведов. Они были потрясены оригинальностью грузинского мастера, который своим творчеством предвосхитил многие черты раннего итальянского Возрождения.

Академик Г. Н. Чубинашвили, искусствовед и археолог, предположил, что автором фресок монастыря Бертубани был не простой монах, а светский художник. Может быть, даже из числа приближенных к царице Тамар, потому что он создал на монастырских стенах фресковые портреты царицы и ее сына Георгия с такими подробностями, какие не мог знать человек, далекий от придворной жизни.