Обращать мусульман в христианство и быть миссионером среди них, было в то время совершенно новой и необычной мыслью. До этого во всех монастырях и церковных проповедях возбуждалась только благочестивая злоба против неверных, захвативших Иерусалим и гроб Господен. Франциск же своими намерениями надеялся отказаться от крестовых походов, воздействовать не насилием над неверными, а добрым словом и убеждением. Он искренне считал за благо создавать из иноверцев христиан, а не убивать их. Если бы по простодушной мысли Франциска все стали христианами, то мир бы стал единым, и войны исчезли. И если в европейских странах миссии францисканцев не встречали особого сопротивления, то в странах Ближнего Востока, где официальной религией было мусульманство, многие монахи, несущие слово Божие, и желающие даже обратить в католичество самого турецкого султана, погибли в тюрьмах или были до смерти забиты камнями…

Сохранился и документ, доказывающий, что Франциск в конце своей жизни устал бороться с дальнейшим обюрокрачиванием созданного им ордена – из нищего и смиренного братства в богатый монастырь. Отказавшись от дальнейших забот относительно созданной им организации, Франциск снова отправился странствовать один и без помощников, нищий и, зачастую, голодный. Повторить в своей жизни все земные тяготы Христа, чтобы пережить их как Христос – вот на что были направлены все дальнейшие действия Франциска.

В 1223 году в гроте вблизи деревушки Греччио он впервые в истории христианства устраивает «живую картину», воспроизводящую историю рождения младенца Христа (ясли, домашний скот, молящиеся пастухи и крестьяне). Вскоре это стало традицией во всех католических церквях в канун рождества Христова.

Постоянно думая о муках Христа на кресте, Франциск вместе с двумя товарищами поднимается на ближайшую гору, где проводит длительное время в посте и молитвах. Именно здесь в день Воздвижения Святого Креста 14 сентября 1224 года ему было видение, итогом чего у Франциска появились стигматы (незаживающие раны) на руках и ногах именно в тех местах, где они были у распятого Христа…

Франциск скончался 4 октября 1226 года, и последние несколько месяцев его жизни были очень мучительными. Сказалось постоянное недоедание, епитимьи, ночевки в лесу или в поле в холодное время года, худая, не согревающая тело, одежда, утомление от непрерывной проповеднической деятельности. Свою лепту внесло и его пребывание в течение нескольких лет в Аравии, где он пытался обратить в христианскую веру воинственных сарацин. Там он был несколько раз жестоко избит, заключался в тюремную камеру и заразился тропическими болезнями. Однако и в таком плачевном состоянии Франциск не сетовал на судьбу, называя недуги своими сестрами…

Поначалу он отказывался от какого-либо лечения, полагая, что на все воля Божья и, по-видимому, не напрасно. Лечебные процедуры каленым железом, к которым традиционно прибегали средневековые доктора в этих случаях, были гораздо мучительней его постоянных страданий. Они попросту ускорили бы его конец. Необычайно скоро, т. е. ровно через два года после своей смерти, Франциск был канонизирован папой Григорием XIX, приехавшим специально с этой целью в Ассизи.

На бухарском базаре один приезжий араб громко проклинал жадного торговца, заломившего несусветную цену за кусок шелка: «Есть ли у тебя хоть крупица совести?»