С окончанием Гражданской войны на Украине на первое место ставился вопрос о борьбе с бандитизмом и повстанческим движением на Правобережье, существенно затруднявшими восстановление мирной жизни. Одним из центров этой борьбы стала Подольская губерния, имевшая выходы к польской и румынской границам, кишевшая бандами, периодически уходившими и возвращавшимися из-за кордона.
В марте 1921 года Заковского назначили председателем Подольской губернской ЧК (в дальнейшем – Подольского губернского отдела ГПУ) в Винницу, где ему предстояло работать три года. Руководство ВУЧК в лице ее председателя В.Н. Манцева и начальника Секретно-Оперативного управления и Особого отдела Е.Г. Евдокимова перебросило дополнительно в Подолию свои лучшие чекистские силы. Здесь Заковский встретил старых товарищей – членов Коллегии Подольской губЧК Э.Я. Грундман и Ф.Т. Фомина. Начальником секретно-оперативной части работал Владимир Николаевич Гарин, он станет на многие годы самым ближайшим товарищем и другом Заковского, его «тенью» в чекистском аппарате.
О многих эпизодах работы чекистов в Подольской губернии можно узнать из книги Ф.Т. Фомина «Записки старого чекиста», а мы ограничимся лишь кратким перечнем операций, в которых довелось участвовать члену коллегии и начальнику Административно-организационного отдела Подольской губЧК Э.Я. Грундман, изложенным в ее автобиографии: «…За время работы участвовала и руководила ликвидацией следующих банд: банда Нечая – сдалась благодаря агентурной работе среди банды и лично ездила на переговоры. Банда Шевчука – была уничтожена в бою. Атаман сдался. Банда Лихо – половина сдалась во время переговоров, другая половина во время боя разбита и убит сам атаман Лихо. Банда Артема – атаман был взят, когда я осталась заложником в банде, где, в общем, пробыла как заложница 7 суток. Остальная банда мне сдалась по прибытии в г. Винницу, в момент разоружения мною с помощью 4 сотрудников. Комсостав банды в количестве 15 человек оказывал сильное сопротивление, в результате 8 человек бандитов было убито. Остальные разоружены…»[19].
Сам Заковский не отставал от своих подчиненных, выезжая из Винницы на наиболее важные и опасные операции по губернии. В октябре 1921 года он был награжден орденом Красного Знамени, в январе 1922 года – золотыми часами от Коллегии ВУЧК за успешную борьбу с бандитизмом, в июле того же года – «лошадью под кличкой Красавчик за энергичную борьбу с бандитизмом». Словом, Заковскому не приходилось пенять на плохую работу подчиненных или на недооценку чекистов Подолии начальством. И Манцев, и полпред ГПУ по Правобережной Украине Евдокимов давали ему самые лучшие аттестации, а Дзержинский в декабре 1922 года подарил свою фотографию с трогательной надписью: «Дорогому другу и бойцу, неутомимому в рядах ГПУ, Леониду Михайловичу Заковскому в память пятилетней годовщины. От Ф. Дзержинского»[20].
Внеслужебный облик Заковского тоже вполне соответствовал образцу большевика с партийным стажем с 1913 года. Несмотря на заботы о семье (на его иждивении находились престарелая мать, жена и двое племянников), он находил время для работы в бюро губкома партии и в Президиуме Подольского губисполкома. Последний зимой 1923 года даже назначил его «чрезвычайным уполномоченным по чистке снега на железной дороге».
Но жизнь и служба, конечно, не состояли из одних успехов и наград. Едва высокопоставленные покровители Заковского В.Н. Манцев и Е.Г. Евдокимов были отозваны с Украины, как неведомые недоброжелатели затеяли интригу о его причастности к «…незаконному изъятию контрабандного товара из Буковской таможни». Впрочем, интрига не удалась: в Москве по постановлению Следственной части Президиума ГПУ от 21 февраля 1924 года это дело было прекращено.