В сентябре 1918 года Заковский во главе Особой следственной комиссии и вооруженного отряда участвовал в подавлении восстания в Саратовской губернии. Его эпицентром стали немецкие колонии, их поддержали кулаки из русских деревень. Пользуясь объявленной мобилизацией в Красную Армию, они подняли вооруженное восстание, разогнали местные Советы, арестовали и расстреляли сельский актив. Отряд Заковского побывал в двенадцати селах, вступая в бои с восставшими, проводя «выкачку» оружия у населения и восстанавливая органы власти. На хозяйства кулаков налагалась контрибуция «в пользу убитых семейств бедняков, фонда комиссариата призрения, на устройство школ и больниц, где таковых не было, и на голодающих детей Москвы и Петрограда». Ликвидация восстания продлилась восемь дней, причем «…было расстреляно 35 человек, среди них три бывших офицера, священник, принимавший деятельное участие в восстании, и два кавалериста – за вымогательство денег»[13]. Подавив основные очаги восстания и оставив на месте сформированный отряд немцев-интернационалистов, кавалерийский отряд Заковского вернулся в Саратов.

Затем, почти целый год, до февраля 1919 года Заковский в качестве особоуполномоченного Президиума ВЧК провел в разъездах, инспектируя фронтовые Особые отделы и территориальные органы ВЧК, и побывал, как он сам писал: «…на всех фронтах, кроме Северного». К этому времени относится его конфликт с начальником Особого отдела 11-й армии и Астраханской губернской ЧК Г.А. Атарбековым. Известно, что разъяренный Атарбеков отбил следующую телеграмму в центр: «Москва, ВЧК, Дзержинскому. Ваша политика меня крайне удивляет. Назначив ревизовать Астраханский Особотдел Заковского, Вы забываете, что этот Заковский был с Вашего ведома и согласия замещен мною и, кроме того, оказался совершенно не на высоте положения как Предособотдела. Протестуя против ревизии дел человеком, скомпрометировавшим (себя. – Прим. авт.) на должности Предособотдела, прошу об отводе его. В противном случае слагаю с себя всякую ответственность за дела Особотдела. Предособотдела Атарбеков. Начактивчасти Напилков»[14].

Похоже, что «одолеть» Атарбекова Заковскому не удалось, и он был отставлен от инспекции. Обосновавшись в Москве, он оказался на должности начальника Осведомительного отделения Особого отдела Московской ЧК. Работая здесь, он постоянно был на глазах у своего главного тогдашнего покровителя – Ф.Э. Дзержинского, а, кроме того, смог обзавестись верными и влиятельными товарищами, которые в дальнейшем всегда умели поддержать его в трудную минуту.

Начальником Следственного отдела и заместителем председателя МЧК тогда работал член РСДРП(б) с 1906 года Василий Николаевич Манцев, а начальником Особого отдела Ефим Георгиевич Евдокимов. Последний был человеком с бурной дореволюционной биографией, участник боевых дружин эсеро-максималистского и анархистского подполья. Он обладал железной волей, подчинявшей окружающих, и смог в короткое время сплотить сотрудников Особого отдела в «боевой чекистский коллектив».

В этом окружении Евдокимова оказались сам Заковский, начальник Активной (оперативной) части Михаил Петрович Фриновский, начальник Информационного отделения Эльза Яковлевна Грундман, инспектор-организатор Федор Тимофеевич Фомин и несколько других чекистов.. Вместе с ними Заковский осенью – зимой 1919 года участвовал в ликвидации в Москве организации «Национального центра» и «Штаба добровольческой армии Московского района», следствии и арестах анархистов, совершивших теракт в Леонтьевском переулке…

На Украине Всеукраинская Чрезвычайная комиссия первоначально действовала с декабря 1918 года по сентябрь 1919 года и с наступлением войск Деникина была эвакуирована на территорию Советской России вместе с другими советскими учреждениями. Надо сказать, что деятельность ВУЧК не способствовала укреплению Советской власти на Украине: слишком много кровавых глупостей было совершено украинскими чекистами «первого призыва», да и председатели ВУЧК И.И. Шварц и М.Я. Лацис явно не справились со своим делом. Еще в июне 1919 года В.И. Ленин писал Лацису о том, что «…несколько виднейших чекистов подтверждают, что на Украине Чека принесла тьму зла, будучи создана слишком рано и впустив в себя массу примазавшихся. Надо построже проверить состав, – надеюсь, Дзержинский отсюда Вам в этом поможет. Надо подтянуть во что бы то ни стало чекистов и выгнать примазавшихся. При удобной оказии сообщите мне подробнее о чистке состава Чека на Украине, об итогах работы»