В своих реформах фараон опирался, прежде всего, на «новых людей», большая часть которых была незнатного происхождения. Вероятно, его поддерживала и армия, а также отдельные представители старой знати, неудовлетворенные своим положением при прежнем правлении. Это, однако, не помешало им всем после смерти фараона быстро отойти от его учения и вернуться к старым религиозным обычаям. Известно, что в конце жизни Эхнатона Фивы посетил недавно назначенный фараоном его молодой соправитель Сменхкара. В одном из фиванских храмов он изображен приносящим жертвы Амону.

Авторитет фараона неудержимо падал. Все свои усилия Эхнатон сосредоточил на реформах. Отсутствие должного внимания к проблемам внешней политики, касавшимся в основном азиатских владений Египта, привело к потере их части. Египтяне же привыкли к захватническим войнам, которые активно вели Тутмос IV и Аменхотеп III, и гордились победами.

А по соседству с Египтом образовалось крупное хеттское государство. Его царь Сиппилулиума стал создавать империю и сумел установить свою власть в царстве Митанни, которое еще со времен Тутмоса IV подчинялось Египту. Напрасно правители других вассальных государств молили о помощи против хеттов. Царь оставался глух к этим просьбам, что не прибавило ему популярности во всех слоях египетского общества.

Фараон Эхнатон скончался в своей столице приблизительно в 1351 году до н. э. Есть предположение, что он был отравлен. Во всяком случае, на одной из фресок существует изображение покушения на фараона. Однако убийство до сих пор остается не доказанным.

Смерть Эхнатона развязала руки его противникам, и очень быстро страна возвратилась к прежним порядкам. Вековые традиции не могли исчезнуть за короткий промежуток времени, а реформы царя не дали ничего существенного народу. Неудивительно, что в декрете одного из наследников Эхнатона, Тутанхамона, явственно подчеркивалось, что культ Атона навлек на страну бедствия, а открытие храмов старых богов их умилостивило и вернуло Египту благоденствие.

Годы правления Эхнатона и его трех преемников, связанных с культом Атона, в официальных летописях стали приписываться к годам правления фараона Харемхеба. А если необходимость требовала упоминания имени реформатора, его именовали «врагом из Ахетатона».

И все же, несмотря на очевидность того, что судьба реформ не могла сложиться иначе, она продолжает волновать умы, пытающиеся дать свое объяснение причинам произошедшего, порой весьма оригинальное, но не подтвержденное археологическими данными. В последнее время появилось немало статей о том, что большое влияние на приверженность Эхнатона солнечному диску как единственному богу оказали извержения вулкана Санторин в Средиземном море, которые возобновлялись в течение нескольких лет и закончились катастрофическим взрывом вулкана. Отголоски этих событий были ощутимы по всему Средиземноморью и наверняка очень сильно проявились в Египте. Некоторые считают, что одно из этих извержений могло заставить еще Аменхотепа III прекратить военные походы, в результате чего и наступил в его царствовании период дружеских отношений с соседними странами. Другие утверждают, что отголоски первого извержения достигли Египта в первый год правления Эхнатона. Сюда якобы докатились мощные цунами, мрачные ядовитые тучи, надолго закрывшие небо. Начались затяжные дожди, град, грозы с мощными раскатами грома и молниями. Страна вдруг лишилась солнечного тепла и света. Естественно, народ воспринял это как страшное бедствие, трагедию. Жрецы Амона и других богов пытались справиться с бедствием, но напрасны были их моления и жертвы. Людей охватил панический страх.