Фараон и египетский народ вполне могли вообразить, что Солнце разгневалось на Египет из-за недостаточного внимания к нему и что египтяне поклоняются не тем богам и надо молиться самому Солнцу. Вот Эхнатон и начал свои реформы, а жрецы старых богов не смогли ему воспрепятствовать. Всплески их активизации объясняют повторными извержениями. А через много лет, когда выросло новое поколение, для которого все случившееся представлялось сказкой, служители старых богов начали поднимать голову. Амон, по убеждению египтян, помогавший фараонам в завоевании новых земель, был оскорблен. Вот Египет и начал утрачивать свои земли, поэтому имя фараона-реформатора было предано проклятью, а Египет вернулся к многобожию.

Не меньше загадок сокрыто и в истории правления наследников Эхнатона. В отдельных случаях высказывается предположение, что после него на троне находилась Нефертити, принявшая имя Сменхкара. Другие же, очевидно, с большим на то основанием, считают соправителя, а потом и фараона, известного под этим именем, сыном фараона Аменхотепа III от одной из его второстепенных жен. Наиболее правдоподобной представляется гипотеза, что Сменхкара – сын Эхнатона от его второй жены Кии либо брат Тутанхамона. А известный исследователь этого периода египетской истории М. Э. Матье называет его мужем старшей дочери Эхнатона, Меритатон, что, при принятых у фараонов кровосмесительных браках, не исключает этих вариантов. И трон, по египетским понятиям, он, таким образом, занял на совершенно законных основаниях.

Однако прожил Сменхкара совсем недолго и царствовал не более трех лет. Сведения о смерти этого фараона и смерти Меритатон отсутствуют. Они просто исчезают из поля зрения историков за отсутствием каких-либо данных. Сменхкара наследовал юный Тутанхамон, муж одной из дочерей Эхнатона, Анхесенпаатон. Он тоже умер совсем молодым, в восемнадцатилетнем возрасте, возможно, не своей смертью. Предполагают, что возврат к старым фиванским культам не спас его от ненависти жрецов или царедворцев. Однако все это не подтверждено какими-либо достоверными свидетельствами.

Одними из самых привлекательных для публики являются загадки, связанные с мумиями Эхнатона, а также цариц Тии, Нефертити, его второй жены Кии и Сменхкара. В связи с находками в Египте постоянно циркулируют всякие слухи, порождающие сенсационные заявления. И лишь немногие из них имеют под собой реальную почву.

О том, что мумия Эхнатона наконец-то найдена, сообщалось неоднократно. В 1898 году французский ученый Виктор Лоре раскопал небольшую гробницу в Долине фараонов. Оказалось, что она принадлежит Аменхотепу II. Но там были обнаружены еще две мумии с именами Тутмоса IV и Аменхотепа III. Дальнейшие исследования показали, что третья мумия не могла принадлежать Аменхотепу. Тогда, основываясь на том, что останки имели широкие бедра, предположили, что это Эхнатон, а надпись сделана для того, чтобы уберечь мумию от уничтожения. Однако полной уверенности в этом нет.

В 1907 году американский археолог-любитель Теодор Дэвис тоже открыл необычайное захоронение, получившее официальное название гробницы № 55. В нем был найден саркофаг с мумией, на котором значилось имя царицы Тии. К сожалению, мумия рассыпалась, но кости остались целыми. По ним было установлено, что останки принадлежат мужчине. Большинство исследователей склоняются к тому, что здесь был захоронен Сменхкара, но некоторые указывают на Эхнатона. Однако в последнем предположении больше догадок, которые, по словам М. Э. Матье, «кажутся скорее подходящими для романа, чем для истории». Точно удалось установить только то, что саркофаг был сделан для женщины, не бывшей царицей, то есть для Кии.