1945 год стал для англичан сплошным кошмаром. Еврейские террористы нападали на британские военные гарнизоны, уничтожая людей и военную технику. Их не останавливали карательные меры правительства. 29 июня 1946 года англичане начали тотальную антитеррористическую акцию под кодовым названием «Агата». В ней были задействованы практически все силы, находившиеся на тот момент в Палестине: 80 тысяч военнослужащих и 20 тысяч полицейских охраняли от боевиков подмандатные территории. В стране был введен комендантский час. В результате акции были арестованы около трех тысяч человек и захвачены склады оружия. В ответ ЭЦЕЛь взорвала бомбу в южном крыле отеля «Король Давид» в Иерусалиме, в котором размещались несколько штабов британской администрации, военная полиция и отдел специальных расследований. Общее число жертв составило 100 человек, 46 получили ранения. Но только 28 человек из погибших оказались англичанами. Военные почти не пострадали, а жертвами стали евреи – рядовые служащие отеля. После трагедии подпольная радиостанция ЭЦЕЛь заявила, что сожалеет о гибели своих соотечественников, переложив вину за их смерть на английскую администрацию отеля, не предпринявшую никаких мер для спасения людей после полученного за 25 минут предупреждения о теракте. Британское правительство назначило за поимку Бегина десять тысяч фунтов стерлингов, и ему пришлось уйти в глубокое подполье. Полгода он жил в квартале йеменских евреев в лачуге без воды и электричества, а однажды безотлучно просидел трое суток в крошечной коморке на чердаке.

Со своей будущей женой Менахем познакомился еще в 1937 году в Дрогобыче. Очаровательной 17-летней Ализе он написал спустя два дня: «Я видел вас один раз, но мне кажется, что я знал вас всю жизнь». Их переписка и редкие встречи продолжались два года. В 1939 году они поженились. Бегин предупредил любимую, что их совместная жизнь не будет легкой: не всегда в семье будут деньги и достойное жилье, им предстоят долгие разлуки, ссылки и тюрьмы. Ализа ответила, что сможет выдержать любые испытания и останется верной ему и общим идеалам, и сдержала свои обещания. Она не только разделила нелегкую жизнь мужа, но и стала для него верным другом и соратником. В семье вначале родились две дочери – Хася и Лия, а в 1943 году на свет появился сын Беньямин Зеев – будущий министр науки и депутат израильского парламента от блока Ликуд.

Летом 1947 года боевики Иргуна напали на английскую тюрьму, но англичанам удалось взять в плен 15 террористов, троих из которых повесили. В ответ боевики Бегина казнили заложников – двух английских военнопленных. Только спустя 35 лет выяснилось, что один из погибших офицеров был евреем. Массовые протесты потрясли Англию. Британцы, проживающие в Тель-Авиве, устроили еврейский погром. Даже спустя десятки лет расправа над заложниками вызывала у англичан ненависть к Бегину. А Маргарет Тэтчер заявила, что «никогда не подаст руки убийце английских солдат». Но в результате всех террористических акций уже в августе 1947 года действие британского мандата в Палестине было приостановлено, а 14 мая 1948 года Израиль стал независимым государством. Менахем смог выйти из подполья. Он и его сторонники утверждают, что именно их действия помогли евреям обрести государственную независимость.

В том же году у берегов Тель-Авива появился корабль «Алталена», принадлежащий ЭЦЕЛь, с грузом оружия, закупленным Иргуном. Операцией по перевозке оружия из Франции руководил Бегин. Молодое государство укрепляло свою мощь и крайне нуждалось в оружии, которое могло изменить ход борьбы за независимость. Но если бы оно попало в руки бойцов ЭЦЕЛь, то могло получиться, что именно эта организация внесла решающий вклад в победу. В преддверии будущих выборов соперник Бегина Бен-Гурион допустить этого не мог, потому что его убедили, что Менахем готовит захват власти. Позднее Бен-Гурион сделал в дневнике две записи, из которых становится ясно, что не было ни прямых, ни каких-либо косвенных доказательств мятежа. Однако понимая, какой у него серьезный противник, Бен-Гурион решил расправиться с ним. Он отверг все варианты перехвата груза и решил уничтожить корабль. После отказа высших офицеров ВВС разбомбить «Алталену», он приказал расстрелять судно из береговых артиллерийских орудий. И этот приказ был выполнен: корабль с грузом оружия ушел на дно. Вместе с ним погибли и 16 евреев добровольцев. И вновь только благодаря Бегину удалось избежать гражданской войны между приверженцами разных еврейских организаций. Он призвал своих бойцов не открывать огонь: «Не будет гражданской войны, когда враг стоит у ворот». Ури Мильштайн в своей книге «Рабин – рождение мифа», посвященной тем событиям, писал, что «женщины и мужчины плакали, слушая его».