Лидеру сионистского движения в Польше исполнилось всего 26 лет, когда началась Вторая мировая война. Он предложил польскому правительству создать еврейский легион для борьбы с фашистами, но руководство страны отказалось. Бегину пришлось бежать в Вильно (Вильнюс, Литва), но в сентябре 1940 года там его арестовали сотрудники НКВД. Он уходил в тюрьму в тщательно начищенных ботинках, костюме с галстуком, прихватив с собой самую дорогую реликвию – томик Танаха (Библии).

Менахем пробыл в заключении несколько месяцев. Несмотря на ночные пытки (например, 60-часовую бессонницу), он не подписал протокол со словами: «Признаю себя виновным в том, что был председателем “Бетара” в Польше». 1 июня 1941 года по решению особого совещания, как социально опасный элемент, был на восемь лет отправлен по этапу в Печорлаг. В лагере он вынес изнурительный труд, постоянные издевательства охраны и уголовников, голод, холод, болезни. Позднее бывший советский заключенный описал свои злоключения в книге «Белые ночи», раскрыв на ее страницах тему взаимоотношения евреев, занимающих разные ступени в тоталитарном государстве – от партийного функционера до тюремщика. В вильнюсской тюрьме его допрашивал следователь-еврей, как, впрочем, охранник и сокамерники, убежденный коммунист-переводчик тоже был евреем. (Кстати, Бегин был полиглотом и владел свободно девятью языками, но русский на тот момент знал плохо и давал показания на идиш и иврите.) Менахем не отсидел назначенный срок, так как через год попал под сталинскую амнистию вместе с другими польскими заключенными. В это время советское правительство стремилось создать на своей территории польскую армию под командованием генерала Андерса. Под крики уголовников: «Это же жид, а не поляк!» – Бегин без денег и документов вышел на свободу.

Менахем колесил по бескрайним просторам СССР, спал на вокзалах, часто «путешествовал» на крышах товарных вагонов, голодал. Он сам отыскал польскую армию и записался в ее ряды добровольцем. В 1942 году его воинская часть была отправлена в Палестину. Вскоре Бегин дезертировал и возобновил активную деятельность в «Бетаре» – возглавил его группу в Иерусалиме. В то время на территории Палестины существовало несколько еврейских организаций, боровшихся за создание независимого еврейского государства. Одни придерживались мирных методов борьбы, а другие, находясь в подполье, признавали только террор. К последним принадлежала подпольная милиция ЭЦЕЛь (Иргун Цваи Леуми), куда и вступил Бегин. Он активизировал работу организации, став в 1943 году ее командиром. ЭЦЕЛь выступала против британской администрации и боролась за свободный въезд на родину евреев-беженцев.

В это же время очевидцы рассказали Менахему о гибели его близких: «Маму фашисты вывели из больницы и расстреляли. Отца утопили в реке вместе с еще 500 евреями. Он шел во главе колонны пленных, и все они запели по его предложению “Ани маалит” (“Я верю в приход Машиаха”) и “Хатикву” – и пели, пока их не сбросили в реку». В одном из лагерей погиб и родной брат Менахема.

С 1944 года Бегин развернул активную деятельность. ЭЦЕЛь развязала жестокий террор против английских властей в Палестине. 12 февраля 1942 года в Иерусалиме, Тель-Авиве и Хайфе были взорваны английские иммиграционные офисы, препятствующие въезду евреев на историческую родину. А еще через две недели там же прогремели взрывы в офисах налоговых служб, в результате чего погибло шесть чиновников и два террориста. Спустя два месяца от рук боевиков ЭЦЕЛь погиб британский министр по делам Ближнего Востока. Оружие террористы добывали разбойными акциями, а деньги – грабежами: однажды они остановили поезд, который вез зарплату рабочим, а затем похитили бриллианты на 38 тысяч фунтов. В ноябре по распоряжению Бен-Гуриона была начата операция «Сезон», поставившая еврейскую общину на порог гражданской войны. Не началась она только благодаря вмешательству Бегина. Михаэль Бар-Зоар, автор биографии Бен-Гуриона, писал об этих событиях: «по всей стране захватывали членов ЭЦЕЛь, во главе которого стоял Менахем Бегин. Их отводили для допросов в кибуцы, били. Члены “Хаганы” сдавали их британской полиции. Эта кампания легко могла перерасти в братоубийственную войну. Этого не произошло потому, что Менахем Бегин обратился с призывом к членам Иргуна: “Вы не должны поднимать оружие на молодых евреев. Это наши братья. Их обманули”. Бен-Гурион выиграл сражение в борьбе за власть, хотя победа была горькой. Слепая ненависть разделила еврейскую общину».