В качестве секретаря д'Эстиссака несколько лет Рабле провел в разъездах по Франции, посетил ряд университетов, познакомился с поэтом К. Маро, богословом Ж. Кальвином, Эразмом Роттердамским.

С разрешения архиепископа Рабле начал заниматься ботаникой и медициной и вскоре отправился в университет города Монпелье. Первое появление Франсуа на древнейшем в Европе медицинском факультете пришлось на день публичной защиты диссертаций по лекарственным растениям. Новичок пробился к кафедре и своими познаниями о различных травах настолько поразил собравшихся, что ему тут же присвоили без защиты степень бакалавра, предложив не только учиться, но и вести вводный курс комментариев к Гиппократу и Галену.

Студент-преподаватель совмещал учебу с лекциями, после которых разыгрывал с друзьями комедии и фарсы, устраивал вечеринки; выпускал в свет учёные сочинения и «альманахи»; практиковал как врач.

Однажды его, как самого находчивого спорщика, направили в Париж убедить канцлера Франции Дюпрэ не отменять ряд привилегий университета. Попасть к тому было не просто. Рано утром канцлера разбудили громкие голоса за окном. Выглянув на улицу, он увидел толпу, шумевшую вокруг человека в странном одеянии. Дюпрэ послал слуг узнать, что этому человеку надо. «Сдиратель коры с коров», – доложили те. Заинтригованный Дюпрэ велел узнать, что этот «сдиратель» в столь удивительном одеянии делает в центре Парижа. Рабле ответил на латыни. Послали за школяром, знающим латынь – тот ответил по-гречески. Послали за знатоком греческого – ответил на древнееврейском. Послали за раввином – он уже говорил по-испански, потом по-немецки, потом по-английски. Дюпрэ наконец велел ввести полиглота в свои покои. Тут Франсуа по-французски изложил суть дела. Канцлер, плененный умом и находчивостью собеседника, удовлетворил просьбу университета. Знал бы он, что миссионер вскоре станет не только выдающимся медиком, юристом, филологом, археологом, натуралистом, богословом, но и великим писателем ранга Гомера и Данте!

Вскоре Рабле оставил университет и переехал в Лион, где получил должность врача местного госпиталя, переполненного больными: до двухсот человек в одной палате, иногда по нескольку больных на одной постели. Помимо врачевания Рабле занимался наукой и вовсе крамолой: на лекции анатомировал труп повешенного. Перевел на латынь и опубликовал «Афоризмы» Гиппократа. Здесь же он напечатал и первую книгу своего романа под псевдонимом Алкофрибас Назье (анаграмма его имени и фамилии), которую тут же запретили теологи Сорбонны. Однако Рабле не унялся и к августовской ярмарке 1534 г. выпустил вторую книгу.

Однако вскоре октябрьской ночью в Париже и других городах Франции на стенах домов появились плакаты против папы и католической церкви. Запылали костры. Сорбонна настаивала на запрете книгопечатания. Многие из друзей Рабле были изгнаны либо ожидали приговора. Рабле благоразумно скрылся, а через полгода пристал к свите епископа Жана дю Белле, направлявшегося в Рим за кардинальской шапкой.

В Ватикане Рабле испросил у папы Павла III отпущения грехов за самовольное оставление монастыря и снятие монашеского одеяния. Ему отпустили грехи и разрешили заниматься врачебной практикой. Увлекшись археологией, Рабле выпустил книгу об античных памятниках «вечного города».

Получив должность каноника в монастыре Сен-Мор-де-Фоссе, Рабле пробыл там недолго и стал работать врачом и читать курсы анатомии в разных городах страны.

22 мая 1537 г. в Монпелье Рабле получил высшее ученое звание – доктора медицины. Тогда же ему дали королевскую привилегию на издание своих книг во Франции.