Постановление о выдаче Д. Бруно было вынесено 7 января 1593 г.

19 февраля философа, закованного в кандалы, направили на корабле в Рим, а там спустя неделю заточили в тюрьму.

Четыре года судьи скрупулезно изучали натурфилософские и метафизические трактаты Джордано, выискивая в них доказательства его еретических воззрений, и 16 декабря 1596 г. приступили ко второй серии допросов (всего 10), использовав доносы Мочениго и показания сокамерников Бруно.

Упор был сделан на богохульство обвиняемого, его высказывания против культа святых, Христа, Богородицы и др. Не были забыты богословские и философские темы, разработанные философом.

По мнению ряда исследователей, следствие велось «с пристрастием», хотя к священникам пытки, как правило, не применялись.

Конгрегация инквизиции, судившая Бруно, состояла из секретаря инквизиторского трибунала доминиканца кардинала Сансеверины, верховного инквизитора кардинала Мадруцци, иезуита кардинала Беллармино, принимавшего впоследствии участие в суде над Галилеем, и еще 6 кардиналов.

Сверхзадачей судей было добиться от обвиняемого раскаяния и отречения от его идей, безоговорочно подчинившись папскому престолу. Сделать это было несложно, т. к. на философа имелось много совпадавших доносов и показаний разных лиц, а также его уличали собственные труды (поэма «О безмерном и бесчисленном», диалог «Изгнание торжествующего зверя», трактат «О связях вообще» и др.), изобиловавшие еретическими утверждениями. Достаточно упомянуть неприятие Бруно религиозного откровения, догмата пресуществления и таинства причастия, отрицание им догмата Троицы и божественности Христа, а также чудес, творимых Им и апостолами, утверждение множественности миров, критику схоластического богословия, поклонения иконам и реликвиям святых, высмеивание «отцов церкви» и т. д.

В конце 1598 г. во время наводнения в Риме тюрьма была затоплена, и Бруно едва не погиб. После разгула стихии судьи продолжили «увещевать» узника отказаться от своих убеждений, но Джордано был непоколебим. При этом он решительно отвергал все показания свидетелей и отстаивал свои философские взгляды.

4 февраля 1599 г. конгрегация инквизиции под председательством Климента VIII предъявила Бруно ультиматум: признать ошибки и отречься от своих еретических взглядов, сохранив, таким образом, жизнь; в противном случае ему грозило отлучение от церкви и смерть.

Философ на это заявил, что «не должен и не желает отрекаться, не имеет, от чего отрекаться, не видит основания для отречения и не знает, от чего отрекаться».

20 января 1600 г. суд принял окончательное решение: брат Джордано был «предан светской курии». Приговор «нераскаявшемуся, упорному и непреклонному еретику» огласили 8 февраля. Бруно был «извергнут словесно из духовного сана», «лишен… церковного сана» и «предан светскому суду… монсиньора губернатора Рима».

Сверх того, были осуждены и запрещены «все… книги и писания как еретические и ошибочные, заключающие в себе многочисленные ереси и заблуждения». Труды философа подлежали публичному сожжению и внесению в Индекс запрещенных книг.

Последнее слово Бруно осталось в веках: «Вероятно, вы с бо́льшим страхом произносите приговор, чем я выслушиваю его».

После «обряда проклятия» коленопреклоненного осужденного извергли «из всякого духовного сана» и лишили «всех титулов».

17 февраля на Кампо ди Фьоре (площади Цветов) в Риме состоялась казнь философа.

Под пение молитв и духовные увещевания Бруно сожгли заживо. Чтобы Джордано не обронил напоследок чего-нибудь крамольного, язык его был зажат в специальные тисочки…