Первоначально стены были покрыты на один скат деревянной крышей на столбах. Под крышей с внутренней стороны устроен переход с перилами, позволяющий пройти по всему периметру ограды.

В архиерейской ограде было несколько ворот, но почти все они в настоящее время заложены. Главными были Святые (или Трехсвятные) ворота, расположенные в восточной стене, прямо против Софийского собора (ныне заложены). Святые ворота представляли собой нарядную двухъярусную постройку. Часть нижнего яруса ворот, обращенная к собору, сохранилась и дает представление об их былом декоре.

В конце XVII века над выходящими к Софийскому собору воротами взамен трех небольших шатров поставили небольшую одноглавую церковь Воздвижения. На месте юго-восточной башни в XVIII веке построен Воскресенский собор.

Постепенно в Архиерейском дворе возникали новые постройки, переделывались и надстраивались прежние. Многие каменные постройки внутри двора, неразрывно связанные со стенами, воспринимаются как одно целое с ними. Они представляют определенный интерес как редкие из сохранившихся образцов хозяйственных построек XVII века.

В конце XVII – начале XVIII века, при архиепископе Гаврииле на Архиерейском дворе появилось новое трехэтажное здание, названное впоследствии Гаврииловским корпусом. С юга он примыкал к архиерейским палатам (Симоновскому корпусу), а в настоящее время соединен с ними в одно здание.

Вскоре после его появления, в противоположной, восточной части двора к северному торцу Экономского корпуса было пристроено простое двухэтажное здание, как бы соподчиненное Экономскому в функциональном отношении – Безымянный корпус (в нем находились казенная и казначейская кельи).

В середине XVIII века Гаврииловский корпус был как бы продолжен к северу двухэтажным каменным зданием, названным Иринеевским корпусом.

В 1740-х годах перпендикулярно к Симоновскому корпусу, к восточному концу его северного фасада примкнули одноэтажные каменные кладовые. В эти годы деревянные закрытые переходы, соединявшие домовую Рождественскую и надвратную Воздвиженскую церкви, были заменены крытым двухъярусным переходом, имеющим окна с обеих сторон. В его нижнем ярусе находится двухарочный проезд в северо-восточную, изолированную часть комплекса, оказавшуюся обособленной в результате сооружения здесь между 1740 и 1753 годами одноэтажного здания, расположившегося между архиерейскими палатами и северной стеной крепостной ограды. В 1770-х годах над зданием был надстроен второй этаж, и оно было отдано переведенной сюда духовной семинарии, а позднее, в XIX веке, – здесь разместилась сильно разросшаяся Консистория.

С тех пор Консисторскими стали называть и сам корпус и образовавшийся благодаря его появлению небольшой дворик. Корпус этот был сильно переделан, вероятно, во второй половине XIX века, при этом были изменены фасады с некогда эффектными фигурными наличниками. Первоначально внешний вид корпуса был иным и почти наверняка выдержан в стиле барокко. Разумеется, и в XVIII веке здание было гораздо скромнее Иосифивского корпуса.

Особенно интенсивное строительство на территории нынешнего кремля, то есть в Архиерейском доме и в Софийском соборе, велось в 60–70-х годах XVIII века при вологодском епископе Иосифе Золотом. Главным результатом этих строительных работ можно считать создание его личных апартаментов – роскошных трехэтажных каменных покоев. Иосифивский корпус, поставленный вплотную к южному торцу Гаврииловского корпуса, был построен между 1764 и 1769 годами и отличался от всех прочих построек Архиерейского дома не только своей нарядностью, но и новым, еще необычным для Вологды барочным стилем. При том же епископе Иосифе Золотом, на месте юго-восточной кремлевской башни было возведено еще одно барочное здание – теплый Воскресенский собор. Его строительство вологодским архитектором Златицким началось в 1772 году, при Иосифе, и закончилось в 1776 году, уже после его смерти. Своими барочными формами Воскресенский собор как бы поддержал здание Иосифовского корпуса, без такой поддержки епископские хоромы чрезмерно выделялись бы среди прочих построек вологодского кремля.