Соборная колокольня, как бы встроенная в восточную стену, возвышается напротив собора. В юго-восточном углу ограды располагается второй, меньший по размеру собор – Воскресенский.

Рядом с Софийским собором, несколько западнее, расположен обнесенный высокими каменными стенами бывший Архиерейский дом – комплекс сооружений двора вологодских архиепископов. Первоначально палаты вологодских архиереев находились на Ленивой площадке, близ кафедрального Воскресенского собора. В 60-х годах XVI века Архиерейское «дворище» было перенесено на территорию возводимого кремля, в непосредственное соседство с новым главным храмом города – Софийским собором.

До середины XVII века все постройки владычной резиденции – Архиерейского двора – были деревянными. Двор был обнесен деревянным забором с несколькими воротами, главными из которых были восточные Святые – большие «створистые», с прорезной решеткой, украшенные иконами и увенчанные тремя шатрами. В середине XVII века над Святыми воротами вместо обитых «чешуей» шатров была построена домовая Трехсвятная церковь. Даже после разборки этой церкви главные ворота долгое время именовались и Трехсвятными, и Святыми.

Уже в первой половине XVII века в резиденции вологодских архиереев находились все необходимые для административного епархиального центра помещения. Здесь располагались также архиерейские, «крестовые» и «казенные» кельи (в последних хранилась казна и ценности), «судная» изба, домовая, «клецкая» церковь, изба «воротная» (для привратников), а также многочисленные хозяйственные помещения. Эти многочисленные деревянные здания неоднократно перестраивались и в настоящее время не сохранены. О них можно судить лишь по различным документальным материалам, в частности по писцовой книге Вологды 1627 года.

В конце 1650-х годов в Архиерейском доме появилась первая каменная постройка – здание Казенного приказа, или Экономский корпус, где помещались казенные и казначейские кельи.

Второе по времени каменное здание Архиерейского двора – большой трехэтажный Симоновский корпус (или Архиерейские палаты) с одноглавой домовой церковью Рождества Христова, названный по имени архиепископа Симона, при котором он был построен в 1669–1671 годах. В XVII и первой половине XVIII века это было самое роскошное здание не только в епископской резиденции, но и во всей Вологде. Позднейшие пристройки значительно исказили внешний и внутренний облик этого сооружения. В результате реставрации 1960 года был частично восстановлен прежний роскошный архитектурный декор фасадов здания. В настоящее время Симоновский корпус по праву может служить прекрасным образцом гражданской архитектуры второй половины XVII века.

Сразу после появления епископского «дворца» Архиерейский двор в очень короткий срок (1671–1675 гг.) был обнесен высокими каменными стенами с многими неразрывно связанными с ними хозяйственными постройками, несколькими воротами и четырьмя башнями на углах образованного стенами неправильного четырехугольника. Годы построения стен отмечаются в исторических документах, как времена крайне дешевой рабочей силы: в Вологде был голод и население работало «из хлеба безденежно». Этим воспользовался епископ Симон, при котором были построены и крепостные стены, и первые Архиерейские палаты с церковью Рождества Христова.

Высокая ограда с ее бойницами, с крытыми переходами по внутренней стороне, построенная по правилам фортификационного искусства XVII века, напоминает крепость, хотя и никогда не подвергалась вражескому нападению. Эти внешние атрибуты древнерусского крепостного зодчества имели чисто символический смысл. Возведение столь мощных стен вологодского двора было вызвано идеологическими задачами возвеличения и прославления церкви и самого архиерея. Сооружение обширных и парадных резиденций духовных властей типично для конца XVII века.