Флот успешно справлялся с самыми разнообразными задачами. Это и борьба на коммуникациях противника, и высадка десантов, и эвакуация населения, войск и различных грузов, и блокада побережья, занятого врагом, и содействие войскам при обороне или освобождении городов и многие другие. За годы войны силами флота было потоплено свыше 670 транспортов и до 615 кораблей охранения противника общим водоизмещением около 1600 тысяч тонн. Было также уничтожено в воздушных боях и на аэродромах 5 тысяч самолетов врага, высажено 113 морских десантов. Флоты обеспечили перевозку более 100 миллионов тонн грузов и 10 миллионов человек (в том числе по знаменитой ладожской Дороге жизни 1690 тысяч тонн грузов и 1 миллион человек). Весной 1945 года моряки (Днепровская флотилия) совершили уникальный переход по рекам и полуразрушенным каналам от Днепра до Одера и Шпрее. Пройдя 500 километров, канонерские лодки, бронекатера, плавучие батареи приняли активное участие в штурме Берлина.

Еще в 1944 году Н.Г.Кузнецову было присвоено звание адмирала флота. «За умелое и мужественное руководство боевыми операциями и достигнутые успехи в них» в годы войны он был награжден орденами Ленина, Красного Знамени, двумя орденами Ушакова I степени и иностранными знаками отличия.

22 июля 1945 года в связи с Днем Военно-Морского Флота вышел приказ № 371, в котором Сталин дал оценку действиям флота в годы войны.

78 кораблей ВМФ были удостоены звания гвардейских, около 80 соединений и частей – почетных наименований, а 240 кораблей и частей награждены орденами. Звание Героя Советского Союза было присвоено 513 морякам, из них семеро получили его дважды.

Военные моряки отличились и в боях с японцами. К началу вступления в войну Тихоокеанский флот и Амурская флотилия были усилены моряками с других флотов, имевших боевой опыт. В течение двух недель флот провел ряд десантных операций. Почти одновременно был высажен десант в Сейсине и Порт-Артуре, в Гензане и на Сахалине, на Курилах. Активно действовала и морская авиация. Адмирал Кузнецов руководил операциями на море и остался доволен действиями подчиненных. В сентябре 1945 года адмирал Кузнецов был удостоен звания Героя Советского Союза.

Авторитет Николая Герасимовича неизмеримо возрос в годы войны. Талантливый полководец, он быстро усваивал уроки тяжелых поражений и трезво оценивал победы, причем не только свои. Он внимательно изучал опыт немецких ВМС в битве за Атлантику, сражений на Тихом океане между Японией и США. В результате уже к концу войны у него выработалась собственная концепция о путях послевоенного развития советского ВМФ.

В послевоенные годы Н.Г.Кузнецов продолжал службу на посту наркома ВМФ и главнокомандующего ВМС. Но служба для него складывалась неблагоприятно. Пока шла война, вождь прислушивался к мнению прославленных военачальников и даже соглашался с ними. Но после войны все стало иначе. Сначала попал в опалу Г.К.Жуков, теперь пришла очередь Н.Г.Кузнецова.

Тогда шли оживленные споры по кораблестроительной программе. Кузнецов считал необходимым строить корабли с тактико-техническими данными, которые отвечали бы современным требованиям. Он рано оценил перспективность использования на флоте ядерной энергии для кораблей и особенно для подводных лодок.

Однако Сталин, вернувшись после войны к идее строительства океанского флота, в вопросах концептуального содержания программы строительства остался на прежних, довоенных позициях. Если Кузнецов настаивал на включении в программу постройку авианосцев как наиболее перспективного класса кораблей, то особой любовью Сталина остались тяжелые крейсера. Эти споры привели к серьезному конфликту между ними и к «крутому повороту» в карьере и личной судьбе Н.Г.Кузнецова.