В ноябре 1939 года Кузнецов утвердил инструкцию о состоянии боевой готовности к отражению и проведению первых операций в случае нападения противника. Система предусматривала три степени готовности. Готовность № 3 – обычное состояние частей и кораблей, плановая учеба состава и сменное дежурство. Готовность № 2 предусматривала наличие на кораблях неснижаемого запаса топлива и боезапаса, увольнения сокращались до минимума, устанавливались круглосуточные дежурства, дозоры и патрулирование. Готовность № 1 объявлялась только при наличии действительной опасности нападения. При ней корабли развертывались в боевые порядки, штабы флотов переходили на постоянное дежурство, судам запрещалось входить на базы, а тыловые службы могли срочно отключить освещение в портовых городах и на базах для обеспечения маскировки. Начиная с 1939 года на всех флотах страны проводились регулярные тренировки по обучению личного состава кораблей действиям по различным степеням готовности.

В середине июля 1940 года нарком издал приказ о введении в действие «Наставления по боевой деятельности штабов соединений ВМФ», а в декабре того же года – «Временного наставления по ведению морских операций».

Флоты получили также наставления по организации боевой деятельности военно-воздушных сил, подводных лодок, надводных кораблей. Было разработано положение о тыле, в котором определялись его задачи и функции по обеспечению боевой деятельности кораблей. Приказом наркома вводились в действие новые уставы – «Корабельный устав ВМФ СССР» и «Дисциплинарный устав ВМФ СССР».

Нарком Кузнецов не раз обращал внимание на необходимость отработки стратегического взаимодействия между армией и флотом. Дело в том, что такое взаимодействие не было закреплено в документах высшего военно-политического руководства страны, оно было поставлено в зависимость от личного отношения между руководителями двух наркоматов. Кузнецов все-таки добился принятия директивы, определившей задачи флотов и общий порядок их взаимодействия с войсками Красной Армии.

Нарком стремится привлечь к флоту внимание общественности. Он предложил ежегодно праздновать День Военно-Морского Флота в последнее воскресенье июля.

Для улучшенной подготовки командного состава были приняты меры к совершенствованию работы в уже действовавших учебных заведениях, и в первую очередь в Военно-морской академии. В 1939 году был назначен новый ее начальник – Г.А.Степанов, и академия стала подчиняться непосредственно наркому. Командные военно-морские училища были преобразованы в высшие учебные заведения. В 1940 году по предложению наркома ВМФ правительство приняло решение об открытии семи морских спецшкол, а в начале 1941 года была создана школа боцманов.

До начала Великой Отечественной войны Николай Герасимович провел огромную работу по подготовке флота к отражению вражеского нападения. Под его непосредственным контролем были установлены противоминные защитные устройства на надводных кораблях и подводных лодках. Для решения конкретных вопросов взаимодействия на морях он сам выезжал на флоты, если этого требовала обстановка, или посылал туда своих заместителей. Он действовал не озираясь «на верхи» и беря всю ответственность на себя. Например, в начале 1941 года он приказал без всякого предупреждения открывать огонь по иностранным самолетам-разведчикам, если они появятся над базами флота, и в соответствии с его распоряжением 16—17 марта того же года над Либавой и Полярным были обстреляны иностранные самолеты.

Вскоре Кузнецов был вызван к Сталину и получил выговор за такие действия. Ему велено было отменить свой приказ. Приказ он отменил – с вождем спорить было опасно, но издал другой: огня по нарушителям не открывать, а высылать истребители для принуждения самолетов-нарушителей к посадке на наши аэродромы.