Жан-Франсуа Шампольон держит в руках свой алфавит фонетических иероглифических знаков. Портрет 1823 г.
В сентябре 1807 года братья уехали в Париж. Здесь Жан-Франсуа продолжил заниматься арабским, персидским, коптским, еврейским и арамейским языками. Он окончил Высшую школу восточных языков. Напряженные занятия вызвали сильнейшие невралгии и головные боли. 21 апреля 1809 года Жан-Франсуа писал брату: «Ты советуешь мне изучить Розеттскую надпись. Это именно то, что я хочу начать». Он получил полную копию Розеттской надписи от коллекционера Шарля-Филиппа де Терсана. Розеттская надпись – это надпись на стеле из гранодиорита, найденной в 1799 году в Египте возле небольшого города Розетта (теперь Рашид), недалеко от Александрии. Текст на камне представляет собой благодарственную надпись, которую в 196 году до н. э. египетские жрецы адресовали Птолемею V Эпифану, монарху из династии Птолемеев. Розеттским камень после поражения французов в Египте был в 1801 году передан англичанам и отправлен в Британский музей, но французы успели снять с него несколько копий. Надпись на Розеттском камне представляет собой три текста на трех языках, идентичные по смыслу. Два текста написаны на древнеегипетском языке, один из них – египетскими иероглифами, другой – египетским демотическим письмом, которое представляет собой сокращенную скоропись эпохи позднего Египта. Третий текст был на древнегреческом. Рассматривая демотическую часть надписи, Шампольон пришел к выводу, что она содержит некоторые знаки, вошедшие в коптский алфавит, составленный главным образом на основе греческих букв. Об уровне владения коптским языком Шампольон писал брату в марте 1809 года: «Я знаю египетский язык так же, как и французский, и на нем я воздвигну свою работу о египетских папирусах». В октябре 1809 года он вернулся в Гренобль, где стал адъюнкт-профессором древней истории в местном университете. Весной 1810 года братья Шампольон декретом императора Наполеона были удостоены докторской степени и профессорского звания. 7 августа 1810 года Жан-Франсуа прочел в Академии Дофине доклад «Письменность египтян», в котором сделал верный вывод о том, что демотика – это форма упрощенных иероглифических знаков. Он также заключил, что иероглифическая письменность должна включать как идеограммы (рисунки, соответствующие определенным идеям), так и детерминативы (идеограммы, служащие для обозначения грамматических категорий слов). Двухтомник «Египет при фараонах» Шампольон посвятил Людовику XVIII, только что вступившему на трон после оккупации Франции союзниками и отречению Наполеона, и был удостоен ордена Лилии. В ноябре 1814 года Шампольон отправил экземпляр книги «Египет при фараонах» в Лондонское королевское общество. В сопроводительном письме он писал: «Темой моей работы является исследование египетских иероглифических надписей, которые составляют лучшие экспонаты Британского музея. Я имею в виду памятник, обнаруженный в Розетте. Мои усилия по части его дешифровки, кажется, увенчались некоторым успехом, и результаты, которые полагаю, достигнуты после продолжительной и упорной работы, дают надежду на дальнейшие открытия в будущем». На самом деле Розеттский камень хранился в Лондонском обществе антикваров. Но секретарем Королевского общества по переписке с заграницей был ученый широкого профиля Томас Юнг (1773–1829), интересовавшийся древними письменностями и предоставивший Шампольону результаты своих исследований Розеттского камня. Между тем во время «Ста дней» Наполеон, проезжая Гренобль 7 марта 1815 года, сделал Жака-Жозефа личным секретарем и наградил орденом Почетного легиона. А Жан-Франсуа получил разрешение на публикацию словаря коптского языка за счет государства. В благодарность Шампольон-младший 18 июня 1815 года опубликовал верноподданную статью, в которой восхвалял Наполеона как единственного законного правителя Франции. Но после битвы под Ватерлоо и вторичного отречения Наполеона Академия отказалась печатать коптский словарь, а оба брата были лишены профессорских званий и помещены под гласный надзор полиции. В марте 1816 года они были высланы из Гренобля в родной Фижак. Летом 1816 года местный префект поручил Шампольонам найти древний галльский город Укселлодун. В ноябре 1816 года Жак-Жозеф неожиданно получил прощение, тогда как младшему брату пришлось оставаться в провинции до октября 1817 года, когда ему тоже разрешили вернуться в Гренобль. В 1818 году Жан-Франсуа был избран членом-корреспондентом Академии надписей и изящной словесности. 18 июня 1818 года он стал хранителем муниципальной библиотеки. Вскоре Шампольон-младший был назначен профессором Королевского коллежа в Гренобле, учрежденного вместо лицея. В 1819 году Т. Юнг опубликовал статью о Древнем Египте в «Британской энциклопедии», в которой указал на двойственность египетского письма, которое включало идеограммы, не связанные со звучанием слова, и буквенные знаки, передающие звуки. В 1821 году Жан-Франсуа переехал в Париж. В августе 1821 года он в докладе в Академии надписей заявил, что в средней части Розеттского камня содержатся те же знаки, что и в верхней, иероглифической, только в более курсивном виде. Шампольон предпринял частотный анализ текста, разбив его на группы знаков, предположительно образующие отдельные слова. После этого было проведено сплошное сопоставление повторяемости одинаковых демотических групп с греческим текстом, в котором подсчитывались слова, встречавшиеся равное число раз. В демотическом тексте удалось выделить имена собственные, а также сопоставить грамматическую структуру демотического и коптского языков. Однако структурный анализ не позволял читать текст. Шампольон нуждался в доказательстве наличия у древних египтян фонетических знаков. Он составил собственный фонетический алфавит и прочитал записанные демотическими знаками греческие царские имена – Александр, Птолемей, Береника, Арсиноя и 6 прочих собственных имен (в том числе Диоген и Ирина). Неожиданностью оказалось греческое слово σὑνταξις – «жалованье», также записанное фонетически демотическими знаками. Для проверки он обратился к демотическому папирусу Казати (названном по имени владельца, купившего его в Абидосе), в котором прочел, кроме перечисленных, имена Эвпатора и Клеопатры. Это сообщение вошло в статью Жака Шампольона-Фижака, опубликованную в Nouvelles annales des voyages, de la geographic et de l’histoire (т. XVI) в 1822 году.