Завязка же и развитие действия в истории Пугачева – главы «Приступ», «Незваный гость», «Разлука». Вся повесть, таким образом, разделена на две симметричные линии: собственно «гриневская» сюжетная линия (главы «Сержант гвардии», «Крепость», «Поединок», «Любовь») и собственно «пугачевская» сюжетная линия (главы «Вожатый», «Приступ», «Незваный гость», «Разлука»). Между ними – центральная глава «Пугачевщина», резко меняющая атмосферу повествования. В главах, следующих за центральной, Пушкин глазами Гринева обрисовывает нам Пугачева, представляя его характер объемно и многогранно. С одной стороны, пушкинский Пугачев – «злодей», убийца, самозванец, авантюрист, который казнит и вешает. Гринев неоднократно упоминает о «кровожадных привычках» Пугачева. Бунтовщики разоряли селения, сибирские крепости, «самовластно наказывали и миловали». «Не приведи бог видеть русский бунт, бессмысленный и беспощадный!» – восклицает Гринев. Однако пушкинский Пугачев – это еще и сильный, отважный, человек, с широкой русской душой, способный на добро. Узнав Савельича и вспомнив о подаренном ему заячьем тулупе, Пугачев спасает Гринева от смертной казни. И далее Пушкин начинает как бы испытывать самозванца, насколько же он великодушен, насколько глубоки в нем «человеческие» чувства. Причем все эти испытания эти идут по нарастающей линии. Вот Пугачев предлагает Гриневу присоединиться к восставшим. Но молодой офицер «присягал государыне императрице», он не может служить Пугачеву и прямо говорит ему об этом. Вот Пугачев спрашивает Гринева, обещает ли он, по крайней мере, не выступать против бунтовщиков. И опять он (Гринев) не дает никаких обещаний. Но Пугачев … отпускает его «на все четыре стороны». И наконец, наступает самый напряженный и драматический момент: Гринев обращается к самозванцу и просит его помочь Маше Мироновой. Эта сцена является кульминацией в развитии внутренней темы повести. Думается, это кульминация и в собственно «пугачевском» сюжете. Благодаря Швабрину, Пугачев узнает, что только что помиловал дочку коменданта Белогорской крепости, дочку офицера противного войска. Однако Гринев просит его о милости: «Ты мой благодетель. Доверши как начал: отпусти меня с бедной сиротою, куда нам бог путь укажет. А мы, где бы ты ни был и что бы с тобою ни случилось, каждый день будем бога молить о спасении грешной твоей души…». И «суровая душа Пугачева была тронута». «Казнить так казнить, жаловать так жаловать: таков мой обычай. Возьми себе свою красавицу; вези ее, куда хочешь, и дай вам бог любовь да совет!», – говорит он Гриневу.

Пугачев здесь противопоставлен официальной власти: широта натуры его, великодушие противопоставляются мелочности, трусливости, формализму его противников. Во-первых, противопоставление мы обнаруживаем в расположении глав «Осада города» и «Мятежная слобода». Генерал, к которому Гринев обращается за помощью («Осада города»), настроен игриво и благодушно, он просчитывает ситуацию и, найдя просьбу молодого офицера неблагоразумной, отказывает ему в помощи. Тогда герой обращается за помощью к Пугачеву, и тот, не раздумывая, сам едет в Белогорскую крепость для того, чтобы лично разобраться, «кто смеет обижать сироту» («Мятежная слобода»). Следующие две главы («Сирота» и «Арест») также построены по принципу противопоставления. Пугачев, даже узнав всю правду о Маше, прощает молодому офицеру его вынужденную ложь и отпускает влюбленных («Сирота»). Власти же, руководствуясь ложным доносом Швабрина, арестовывают Гринева и отправляют его в следственную комиссию («Арест»). Характерно, что Пугачев здесь узнает правду, правительство – ложь. В этих четырех главах «гриневская» и «пугачевская» сюжетные линии тесно переплетены.