Территория академии неоднократно подвергалась бомбардировкам, в небе над Петровско-Разумовским шли воздушные бои. Сотрудники факультета несли дежурства на чердаках и крышах, участвовали в строительстве военных укреплений. Во втором учебном корпусе и общежитии был размещен эвакуационный военный госпиталь №2386 Западного фронта, где работали многие студентки и сотрудницы.

2 февраля 1942 г. занятия были возобновлены, хотя впереди было более трех лет войны. Несмотря на лишения военных лет, скудность средств, дефицит профессорско-преподавательского состава факультет продолжил выполнять свою основную задачу – подготовку агрономов-экономистов для сельского хозяйства страны.

Отгремели залпы победного салюта. Постепенно возвращались в Тимирязевку преподаватели, сотрудники, студенты. Последствия недавней войны были ощутимы и в академии. Государство оказывало ей посильную помощь. Да и сами преподаватели, сотрудники, студенты, руководство факультета старались сделать все для того, чтобы работать с полной отдачей. Создаются учебно-производственный и учебно-опытный комбинат, организуется отдел рабочего снабжения, улучшается питание в столовых, учебные и бытовые условия.

Серьезные изменения на факультете, как и в целом в академии, произошли после окончания Великой Отечественной войны. В 1945 г. в академии создается факультет повышения квалификации руководителей и специалистов МТС, районных земельных отделов, колхозов и совхозов. Лекции и практические занятия проводятся по вопросам Устава сельхозартели, управления и организации труда в хозяйствах, составления организационного плана проводили профессора и преподаватели экономического факультета.

Первым послевоенным деканом факультета был И. С. Кувшинов, 1896 г. рождения, участник гражданской и Великой отечественной войн, доктор экономических наук, профессор, заслуженный деятель науки РСФСР, почетный доктор Берлинского университета имени Гумбольдта, двадцать шесть лет руководивший кафедрой экономики сельского хозяйства, автор учебников и учебных пособий, награжден многими орденами и медалями. В течение пяти лет был деканом рабочего факультета. С 1945 г. по 1961 г. – декан экономического факультета.

Важным событием в жизни академии явилось подписание 30 мая 1950 г. Председателем Совета Министра СССР И. В. Сталиным Постановления «О мерах помощи Московской сельскохозяйственной академии имени К. А. Тимирязева», где академия получила статус ведущего сельскохозяйственного вуза страны, территория ее, как и до войны, объявлена заповедником, планируется строительство новых корпусов, кардинальная реконструкция зеленых насаждений. Разрешено было после пяти лет обучения на опытных станциях и кафедрах оставлять 50—60 практикантов с целью продолжения их учебы в аспирантуре, увеличивались штаты научных сотрудников и научно-вспомогательного персонала. С 1952 г. восстанавливается выпуск журнала «Известия ТСХА».

В эти годы не только налаживается хозяйство академии, но и совершенствуется учебный процесс на факультете, дальнейшее развитие получает организация студенческих практик, укрепляется связь ученых с производством. Развертывается подготовка специалистов для стран Восточной Европы, Азии, Африки и Латинской Америки. За послевоенные годы было подготовлено 550 специалистов и кандидатов наук экономического профиля для 63 стран мира. Многие из них стали известными руководителями учебных заведений и научных учреждений, специалистами, учеными, общественными деятелями.

1954 г. вошел в историю академии как год целины. Активное участие в этой эпопее принимали преподаватели и студенты экономического факультета. Ежегодно десятки студентов отправлялись на производственную практику в колхозы и совхозы, помогали разрабатывать организационно-хозяйственные планы, готовили и защищали дипломные работы по материалам хозяйств, созданных на целине, а многие из них оставались там работать, познавая все тяготы целинной жизни, награждены медалью за освоение целины и залежных земель.