В период реорганизации сельского хозяйства остро встал вопрос о повышении его эффективности. Ученые факультета исследовали и обосновали основные пути повышения продуктивности этой жизненно важной отрасли, такие, как: рациональное размещение производства, концентрация и установление оптимальных размеров предприятий, специализация и сочетание отраслей, развитие кооперации в сельском хозяйстве, методология планирования, научная организация труда.

Большая работа по исследованию упомянутых проблем в тот же период была проведена профессором С. Г. Колесневым, подтвердившая, что процесс специализации в сельском хозяйстве должен носить объективный характер, осуществляться с учетом действия экономических законов, природных условий производства, местоположения хозяйств к пунктам реализации продукции, обеспеченности рабочей силой, орудиями и средствами труда, опыта населения и других факторов. Он также обосновал необходимость развития нескольких отраслей с целью полного и рационального использования экономических и природных условий. Эти исследования базировались на массовых данных по республикам, областям и отдельным хозяйствам страны по основным видам сельскохозяйственной продукции.

20 февраля 1940 г. Президиум Верховного Совета СССР за выдающиеся успехи в подъеме сельского хозяйства наградил академию орденом Ленина, отметив активную роль профессоров, преподавателей и сотрудников экономического факультета.

Суровые испытания выпали на долю коллектива экономического факультета в годы Великой Отечественной войны, возглавляемого К. И. Ивановичем (1941—1943). Многие преподаватели, аспиранты, студенты и сотрудники факультета, верные чувству патриотического долга, добровольно ушли в ряды защитников отечества. Только с кафедры организации сельскохозяйственных предприятий ушли на фронт профессор С. Г. Колеснев, 6 доцентов и ассистентов, 12 аспирантов.

С первых дней войны в рядах Красной Армии находился С. С. Сергеев, окончивший с отличием экономический факультет в 1940 г. Он получил боевое крещение в сентябре 1941 г. на Волховском фронте. От заместителя командира батареи до начальника штаба артиллерии 20 гвардейского стрелкового корпуса 4-й гвардейской армии – таковы вехи боевого пути гвардии подполковника Сергея Степановича Сергеева. Он награжден многими орденами и медалями СССР, венгерским орденом Красной Звезды, американским орденом легионера.

В числе первых вступил в ряды добровольцев народного ополчения, а затем стал бойцом Красной Армии, декан экономического факультета доцент И. Н. Некрасов. Накануне войны он готовился к защите докторской диссертации, имея за плечами большой опыт практической работы в качестве председателя Крымского и Калужского Совнархозов, в Центральном аппарате «Сельскосоюза», научной и педагогической деятельности. Но война сорвала все его планы, Иван Николаевич погиб в бою под Смоленском, там, где летом и осенью 1941 г. решалась судьба Родины. Его имя выбито на стеле, стоящей в парке академии. В рядах защитников Отчизны воевал профессор И. С. Кувшинов, руководивший факультетом в течение 16 послевоенных лет.

С. Г. Колеснев

Среди сражавшихся за Родину на фронтах Великой Отечественной войны были многие будущие студенты Тимирязевки, ставшие затем педагогами, известными учеными, руководителями кафедр, факультета и академии в целом. Это профессора М. Н. Громов, В. А. Добрынин, П. П. Дунаев, М. И. Синюков, И. А. Смирнов, Е. Б. Хлебутин, А. Г. Шмаков.

Суровой осенью 1941 г., когда бои шли на ближайших подступах к столице, академия стала прифронтовой зоной. С 15 октября занятия на факультете были прекращены. Профессора и преподаватели, а также небольшая часть оставшихся студентов, были эвакуированы в Самарканд, где академия продолжала работу на базе Узбекского сельскохозяйственного института.