Научно-исследовательская работа в институте экономики и управления АПК проводится по различным направлениям и в различных форматах. В институте продолжают свою научно-исследовательскую работу сложившиеся за многие годы и имеющие научный задел научные школы: Управление сельскохозяйственным производством и сельское консультирование (профессор В. М. Кошелев), Статистика аграрного сектора (член-корреспондент РАН А. П. Зинченко), Научно обоснованное учетно-информационное и финансовое обеспечение устойчивого развития агропромышленного комплекса (профессор Л. И. Хоружий), Организация сельскохозяйственного производства (профессор Т. М. Ворожейкина), Системный анализ, экономико-математическое моделирование, информационные системы и технологии в АПК (профессор Е. В. Худякова), Экономика и организация сельской энергетики (профессор В. Т. Водянников), Аграрная экономика (профессора Ю. В. Чутчева, Р. С. Гайсин), Экономика мирового сельского хозяйства (кандидат экономических наук А. Ф. Корольков).

Результаты научно-исследовательской работы ведущих учёных Института экономики и управления АПК находят своё отражение в публикациях монографий, статей в научных журналах мира, индексируемых в базе данных Web of Science Core Collection и Scopus, журналах ВАК. Учёные института участвуют в научных конференциях различного уровня.

В Институте экономики и управления АПК ведётся комплексная работа по подготовке научных кадров высшей квалификации. В рамках сложившихся научных школ проводят свои исследования не только преподаватели, но и аспиранты, докторанты и соискатели института. Численность аспирантов и соискателей института по всем направлениям подготовки составляет более 50 человек. Аспиранты, соискатели и докторанты принимаются в Институт по следующим направлениям:

1) направление подготовки 38.06.01 Экономика, в том числе научные специальности 08.00.05 Экономика и управление народным хозяйством, 08.00.12 Бухгалтерский учёт, статистика, 08.00.14 Мировая экономика;

2) направление подготовки 09.06.01 Информатика и вычислительная техника по научной специальности 05.13.01 Системный анализ, управление и обработка информации (по отраслям).

Все аспиранты проходят педагогическую практику, во время которой совершенствуют навыки преподавательского мастерства. Аспиранты участвуют в научно-исследовательских разработках своей кафедры и факультета в целом, апробируют результаты диссертационных исследований во время выступлений на научных конференциях, публикуют научные статьи и учебно-методические материалы.

В Институте экономики и управления АПК действуют два диссертационных совета: Диссертационный совет Д 220.043.15 по направлению 08.00.05 – Экономика и управление народным хозяйством (1. Экономика, организация и управление предприятиями, отраслями, комплексами – 1.2. АПК и сельское хозяйство); (2. Управление инновациями) (экон. науки). Председатель – Алексей Валерианович Голубев; Диссертационный совет Д 220.043.17 по направлению 08.00.12 – Бухгалтерский учёт, статистика (экономические науки). Председатель – Людмила Ивановна Хоружий.

В рамках ИЭУ АПК действует Научно-методологический семинар «Современные проблемы аграрной экономики». Его цель – повышение квалификации профессорско-преподавательского состава Института экономики и управления АПК за счёт обмена опытом между учёными-аграрниками; поиск перспектив для развития новых исследований в институте; обсуждение наиболее важных открытий и достижений в сельской политике современной России и мира.

В институте организована научная работа со студентами и магистрантами в рамках кафедральных студенческих научных обществ. Студенты магистры и бакалавры ведут научную работу в ходе выполнения курсовых, выпускных квалификационных работ, магистерских диссертаций, а также занимаясь в студенческих научных кружках и других организациях студенческого научного творчества. Студенты также выступают с докладами на научных конференциях и делают публикации в сборниках работ молодых учёных. В целом, к научной работе в институте привлечены более 1000 студентов. Объём и качество получаемых в процессе обучения знаний позволяют студентам выполнять научные работы на высоком профессиональном уровне.