В 2000-е годы экономическое образование в РГАУ-МСХА осуществлялось на двух факультетах: Экономический факультет имени А. В. Чаянова и Факультет экономики и финансов.

Главной задачей Экономического факультета считалась подготовка для страны высококвалифицированных специалистов, бакалавров и магистров менеджмента и экономики на основе сохранения и приумножения существующих традиций, а также подготовка профессионалов для государства и бизнеса, способных к инновационной деятельности в социальной и научно-технической сферах. Миссия факультета была заявлена как «обеспечение лучшего экономического образования среди российских вузов». Для этого на факультете особое внимание уделялось знанию иностранных языков, владению информационными технологиями, использованию активных методов обучения.

Факультет активно участвовал в европейском процессе интернационализации образования и гармонизации программ обучения, студенческой и преподавательской мобильности, что обеспечивало студентам и преподавателям возможность повысить языковую подготовку и профессиональный уровень, совершенствовать на инновационной основе существующие и создавать новые программы обучения.

Руководство факультетом в этот период осуществляли А. М. Гатаулин (2003—2004), А. И. Филатов (2005—2009), Р. Г. Ахметов (2009—2011), Н. В. Акканина (2011—2013), О. И. Пантелеева (2013), Н. Г. Володина (2013), В. М. Кошелев (2013), В. И. Тинякова (2013—2014).

Факультет вел подготовку специалистов по двум наиболее востребованным на рынке труда направлениям: «Менеджмент» и «Экономика». Учебные планы этих направлений были разработаны на основе нового поколения государственных образовательных стандартов с учетом профессиональных интересов студентов, запросов сельскохозяйственного производства и последних достижений науки и техники. По ним на факультете сложились крупные научно-педагогические школы, функционирующие в рамках ведущих кафедр.

К моменту объединения с Факультетом экономики и финансов на Экономическом факультете обучалось около 1200 студентов, аспирантов и докторантов; работали более 100 преподавателей (с учеными степенями и званиями – более 70%), среди них 50 профессоров, 3 академика и члена—корреспондента РАН и других академий. Факультет поддерживал тесные связи с 15 ведущими аграрными университетами Европы и США в области проведения совместных научных исследований и реализации образовательных проектов, включая обмен студентами и преподавателями.

В 2005 г. в академии был создан Учетно-финансовый факультет. Приказом ректора №159 от 15 апреля 2014 г. он был переименован в Факультет экономики и финансов.

Истоки научно—педагогических школ, представленных на Факультете экономики и финансов, восходят к 80-м годам XIX столетия, а выпуск специалистов в области учетно—финансовой деятельности осуществляется в вузе с 1961 г.

Богатые традиции, заложенные поколениями видных ученых и преподавателей, сформировавшиеся научные школы по профилям подготовки студентов позволили обеспечить на факультете высококачественный образовательный процесс в сочетании с научными исследованиями и практикой в передовых организациях, компаниях и зарубежных вузах, что является гарантией высокой конкурентоспособности выпускников на рынке труда.

Научная и педагогическая школы сельскохозяйственной статистики, экономико-статистического анализа и статистического моделирования сельского хозяйства заложены прославленным статистиком России А. Ф. Фортунатовым, развиты академиком РАН и ВАСХНИЛ В. С. Немчиновым (заведующим кафедрой статистики с 1928 г. по 1948 г., директором академии с 1940 г. по 1948 г.), академиком ВАСХНИЛ С. С. Сергеевым (заведующим кафедрой с 1956 г. по 1989 г.), членом-корреспондентом РАСХН А. П. Зинченко (заведующий кафедрой с 1990 г. по 2007 г.).