Успешно развивались различные формы научно-технического сотрудничества ученых факультета с зарубежными странами. Академия имела 27 договоров о международном сотрудничестве с учебными, научными учреждениями и фирмами, в выполнении которых активное участие принимали экономисты.

Только за 1980—1990 гг. факультет подготовил 170 специалистов и 40 кандидатов наук. Студенты выезжали на практику в США, Германию, Болгарию, Венгрию, Чехословакию, Польшу.

В период крупных социально-экономических преобразований в агропромышленном комплексе существенно изменились требования к специалистам экономического профиля. И отличительной их особенностью стал творческий подход к решению нестандартных практических задач, способность быстро воспринимать, критически оценивать и определять пути реализации научных идей, новых технологий и техники, форм организации труда, всесторонне оценивать деятельность трудовых коллективов и отдельных работников по конечным результатам.

На первый план выдвинулись проблемы, обусловленные совершенствованием хозяйственного механизма и системы управления в АПК при переходе на рыночные отношения.

В конце декабря 1990 г. Ученый совет академии подробно рассмотрел вопрос «Об экономической подготовке кадров в условиях рыночных отношений» и принял решение о существенном изменении содержания обучения и совершенствования его форм с целью подготовки специалистов нового типа для работы в условиях многообразия форм собственности, видов хозяйствования и рыночных отношений. В феврале 1992 г. Ученый совет вновь возвратился к этому вопросу и заслушал доклад декана о выполнении ранее принятого решения. Совет положительно отметил работу по освоению новых учебных планов, пересмотру учебных программ, введению ряда спецкурсов, подготовке методических указаний, программ практики, тематики курсовых и дипломных работ, отражающих специфику перехода к рыночным отношениям.

В то же время предстояло многое сделать по изменению учебных планов и программ, совершенствованию учебного процесса, улучшению методического, материально-технического и кадрового обеспечения, проведению научных исследований. Эта работа осложнялась по ряду объективных и субъективных причин. Главная из них: проблема бюджетного финансирования учебного и научного процессов. Если финансирование подготовки кадров продолжалось, хотя и частично, то выделение средств на науку прекратилось и все научные сотрудники были уволены.

Необходимо было искать новые пути выхода из создавшегося положения. И они были найдены. В 1995 г. ученый совет утвердил учебные планы по 12 специализациям с присвоением новой квалификации – экономист. На Экономическом факультете впервые в аграрных вузах России была введена подготовка бакалавров (с 1996 г.) и магистров (с 1999 г.).

Факультет становится участником международной программы «Темпус-Тасис» по совершенствованию подготовки экономистов-аграрников и открывает еще одно направление подготовки специалистов – «Аграрная экономика». В этом же году открывается вечернее и заочное обучение на контрактной основе по специальностям «Экономика и управление аграрным производством», «Бухгалтерский учет и аудит», а также по второму высшему образованию. В составе факультета создается хозрасчетный Учебно-консультационный и Научно-производственный центры, что создавало дополнительные условия для развития факультета.

Остается лишь добавить, что руководство факультетом в этот непростой для страны и вуза период осуществляли А. П. Зинченко (1988—1994), В. А. Удалов (1994), В. С. Филимонов (1995—1999, впоследствии проректор и ректор академии), В. И. Еремин (1999—2003).