Убедительна и версия о том, что в этом районе происходит трансагрессия Черного моря, постепенного поглощающего берег. Возможно, устав бороться со стихией жители навсегда покинули Акру. На это указывает и тот факт, что первые раскопки археологов, сделанные на суше, затоплены.

В 1981 году на песчаной косе между озером Яныш и морем, вблизи которой находилась научная база АзЧерНИРО (ЮгНИРО) и поселок Набережное, любознательный керченский школьник Алеша Куликов, мама которого работала научным сотрудником в этом институте, почти каждое утро совершал прогулки по берегу, в надежде, что волны вынесут на песок какой-нибудь сюрприз. Интуиция его не подвела. Однажды заметил в воде светлый круглый предмет. Едва успел извлечь его из воды, либо набежавшая волна унесла бы в глубину. Вначале подумал, что это кем-то потерянный медальон, но оказалось, что старинная золотая монета.

Увлеченный историей античных городов Боспорского царства, Алексей осознал ценность находки. На монете заметил едва различимый профиль бородатого архонта. Не утаил монету, а решил подарить ученым Керченского государственного историко-культурного заповедника.

Специалисты определили, что монета относится к эпохе Боспорского царства. Несмотря на скромность и бескорыстие Алексея его поощрили за подарок. По признанию Куликова, на деньги он приобрел модные тогда среди его ровесников вельветовые брюки. А коллекция Золотой кладовой ныне Восточно-Крымского историко-культурного музея-заповедника пополнилась его первой археологической находкой, сыгравшая ключевую роль в выборе профессии.

В ту пору он нашел и сдал в музей более ста пятидесяти античных монет и других артефактов. Однажды после шторма сквозь толщу воды увидел фрагмент каменной стены, уходящей вглубь. Это убедило юношу в том, что на дне есть и другие сооружения. Вскоре штормами стену занесло песком…

Точно зарисовал очертания берега в районе своих находок. Впоследствии Алексей Куликов с отличием окончил Московский государственный университет и теперь успешно занимается исследованием античных городов, и в первую очередь Акры.

А тогда по его информации и зарисовкам летом 1982 года сотрудник Керченского музея Вячеслав Холодков провел раскопки на косе и холме к югу от озера Яныш. Он обнаружил культурные напластования античной эпохи.

В 1983–1985 годах сотрудник Ленинградского отделения Института археологии Академии наук СССР Константин Шилик начал подводные исследования Акры Он определил, что древний город находится на глубине до 4 метров, а к востоку от него до глубины 7 метров располагалась гавань. Тогда же археологи обнаружили под водой оборонительные стены, две башни и колодец, из которого извлекли семь амфор Гераклеи Понтийской IV века до нашей эры, черепки чернолаковой посуды, обломок свинцового якорного штока, деревянные детали, сделанные на токарном станке.

В 1994–1997 годах исследования на побережной и подводной территории Акры в качестве научного сотрудника Керченского государственного историко-культурного заповедника, продолжил ее первооткрыватель Алексей Куликов. За четыре года он изучил слои, относящиеся к римской эпохе на трехстах квадратных метрах.

С 2011 года этим занималась совместная экспедиция крымского учреждения «Черноморский центр подводных исследований», Института материальной культуры и Государственного Эрмитажа под началом руководителей проекта Виктор Вахонеева и Сергей Соловьева. С 2016 года, уже после присоединения полуострова к России, к исследованиям подключилось Русское географическое общество.