Осада Гянджи растянулась почти на пять недель, в русском сводном отряде возникли затруднения с продовольствием, солдаты мерзли, среди конной милиции начиналось брожение и недовольство. Гарнизон Джавад-хана при этом находился в тепле и ни в чем не испытывал недостатка.

Наконец, было окончательно определено время штурма…

Ночь на третье января 1804 года оказалась такая же темная и сырая, как многие предыдущие. Над землею стелился холодный туман – острие своего собственного штыка разглядеть удавалось с трудом. На приступ решили идти одновременно с двух сторон. В половине шестого утра гренадеры и двести пеших драгун под командой генерал-майора Портнягина выдвинулись под стены крепости со стороны Карабахских ворот. Егеря полковника Корягина одновременно с этим предприняли отвлекающую атаку. В резерве у каждого из штурмовых отрядов имелось по одному батальону пехоты – основной же резерв составляли артиллерийские батареи, казаки и до батальона стрелков.

Как это часто бывает, последующие события развивались не совсем так, как планировал на военном совете генерал Цицианов. Под огнем вражеских пушек, под градом пуль, бревен и камней отряд Карягина, которому предназначалась при штурме второстепенная и вспомогательная роль, почти сразу преодолел первую стену, после чего завязал тяжелый бой на подступах ко второй. Спустя какое-то время батальон егерей под командованием майора Лисаневича взобрался и на вторую стену, продолжив ожесточенную схватку за крепостные башни Кафе-Бек, Хаджи-Кале, Юхари-Кале и Каджи-Хан. В одной из этих башен капитаном Каловским был убит гордый и храбрый Джавад-хан, который руководил обороной города из самой гущи боя. Сам капитан вскоре после этого также погиб под саблями ханских телохранителей.

Основной же отряд под командованием генерал-майора Портнягина преодолел стены крепости только с третьей попытки, когда егеря уже открывали Тифлисские ворота для пушек и резерва… Дело в том, что его колонна смогла скрытно подойти к самому крепостному валу, и только тогда была обнаружена. Противник открыл по ней огонь почти в упор, приставные лестницы отталкивались по несколько раз, а пробитая в земляной стене брешь также неоднократно переходила из рук в руки, поэтому в тот раз судьба штурма решилась на вспомогательном направлении.

К полудню крепость пала. Ее защитники потеряли около тысячи семисот человек убитыми, включая самого правителя и его среднего сына. Было взято почти восемнадцать тысяч пленных, захвачено два десятка орудий и фальконетов, большое количество боеприпасов и продовольствия, а также – восемь знамен, среди которых знаменитый ханский бунчук и штандарт с изображением на древке руки Магомета. К чести русских солдат, из девяти тысяч женщин и детей, которых Джавад-хан собрал из селений в залог верности их мужей, ни одна не подверглась оскорблению или унижениям. Более того, плененному семейству хана и его первой жене князь Цицианов даровал свободу, отвел им дом в форштадте, пожаловал подарками и деньгами. Отважный и гордый Джавад-хан по распоряжению генерал-лейтенанта князя Цицианова был с воинскими почестями похоронен во дворе самой главной городской мечети.

Потери русских составили семнадцать офицеров и немногим более трехсот нижних чинов, включая раненых. Все участники штурма получили заслуженные награды – чины и ордена, или же специально учрежденные серебряные медали «За труды и храбрость при взятии Гянджи».

Захваченную Гянджу переименовали в честь супруги государя и теперь она стала называться Елизаветполь. Само ханство было упразднено, его территория под именем Елизаветпольского округа вошла в состав Российской империи. В городе учредили комендантское управление, при котором вся военная и гражданская власть сосредоточилась в руках коменданта.