Несмотря на такую реакцию, отношение к Эриугене со стороны светской власти не изменилось. Он по-прежнему пользовался расположением короля, продолжал свои философские занятия при дворе. Более того, по поручению Карла Лысого Эриугена сделал новый перевод произведений Св. Псевдо-Дионисия Ареопагита, значительно улучшив прежний и более чем сомнительный перевод аббата Гильдуина из г. Сен-Дени. Кстати, на протяжении многих лет все европейские схоласты пользовались только переводом Эриугены.

Изучив работы древнегреческих мыслителей, философ пришел к собственному пониманию религиозно-философского учения. Так появился его главный труд под названием «О разделении природы», который также, причем дважды, был осужден церковью. Трактат состоит из пяти книг, составленных в форме диалога между учеником и учителем. Систему взглядов Эриугены можно отнести к неоплатонизму – учению, разработанному философом Плотином, с трудами которого он познакомился благодаря христианским сочинениям неоплатоников, в частности греческих «отцов церкви» – Григория Нисского, Псевдо-Дионисия, Максима Исповедника. Кстати, обращение к работам этих авторов было типичным для всей ранней схоластики.

Эриугена одним из первых выдвинул тезис, относящийся ко всей схоластике: подлинная религия является и подлинной философией, и наоборот, сомнения, выдвигаемые против религии, опровергают и философию. Он отстаивал и тезис о том, что между откровением и разумом нет противоречия. Орудием разума является диалектика, которую Эриугена понимал, подобно Платону, как искусство сталкивать противоположные точки зрения в беседе, а затем преодолевать различия с целью выявить истину. Как считал мыслитель, решающую роль в познании имеют общие понятия. Он принимал реальность понятий по степени их общности: чем выше степень общности, тем больше проявляется их объективная реальность и независимость от познающего человеческого разума. Единичные понятия, наоборот, существуют лишь благодаря тому, что они относятся к видам, а виды – к роду. Это направление философской рефлексии в ходе дальнейшего развития было названо реализмом.

Неприятие церковью взглядов Эриугены имело две причины. Первая: мыслитель в целом придавал большое значение разуму; он стал одним из защитников рационализации теологии, провозглашая, что авторитет основывается на истинности разума, но ни в коем случае не наоборот. Второй причиной были пантеистические выводы Эриугены. Он отождествлял Бога с природой (в абстрактном смысле), причем исходил из платоновских формулировок, где Бог представляет начало, середину и конец всего сущего. Таким образом, Бог выше всех категорий, о нем нельзя говорить, что он субстанция или материя; тем самым, концепция Бога у Эриугены сильно отличалась от библейского учения.

О том, где и когда окончился жизненный путь Иоанна Скота Эриугены, точных сведений история не сохранила. Правда, есть несколько версий относительно последних лет его жизни. По одной из них, философ переехал в Англию, где был учителем в одном из аббатств и погиб от руки неизвестных лиц. За это он был признан мучеником, о чем свидетельствует эпитафия на гробнице одной из английских церквей. По другой версии, Эриугена под видом ученого и пресвитера Иоанна закончил свои дни в той же Англии при дворе короля Альфреда из Галлии.

Несмотря на то, что учение Эриугены несколько раз объявлялось еретическим, а трактат «О разделении природы» был даже приговорен к сожжению, его труды были хорошо известны в Европе в последующие столетия и оказали серьезное влияние на развитие философской и религиозной мысли Запада.