Мильтон писал также и на другие темы. В 1644 году он публикует «Обращение, или речь в защиту свободы бесцензурной печати» (The Areopagitica, or Speech for the Liberty of Unlicensed Printing), адресованную парламенту. Реакционный парламент принял закон, направленный на регулирование книгоиздания и другой печатной продукции: «ни одной книги, или памфлета, или листа разрешается с настоящего времени печатать, если они не одобрены и лицензированы лицом, специально для этого назначенным». Мильтон обращается к парламенту с призывом изменить этот закон и аргументирует тем, что такое подчинение писательского промысла неподходящему или капризному цензору является характерным для времени, в котором они живут. Поэт предупреждает о фальшивом чувстве безопасности, основанном на надежде, что такого рода законы ограничат издание злонравных книг. Мы не наказываем человека – рассуждает Мильтон – за то, что этот человек может совершить дурные поступки, – мы ждём, пока эти дурные поступки совершены. Давайте также поступать и с книгами: лицензия издавать что угодно будет малой привилегией, если правительство сохраняет за собой власть наказывать за это, как оно посчитает нужным.
Партия короля переживала упадок и расчленение. Сам Чарльз становится узником, сначала у шотландцев, затем у пресвитериан, наконец у протестантов. После казни короля, пресвитериане выражают негодование и публично обвиняют в своих памфлетах протестантов в совершившемся. Джон Мильтон мог принять что-то похожее со стороны старых роялистов или незнающих среди народа, но он был не в силах терпеть такого рода обвинения со стороны пресвитериан. Поэтому через несколько недель после смерти короля Мильтон публикует памфлет «Время для королей и чиновников» (The Tenure of Kings and Magistrates), в котором он, после перечисления обвинений против Чарльза Первого, пытается примирить читательское сознание с тем, что произошло, но вместе с тем он также обсуждает законность свершившегося суда. Мильтон обращает внимание читателей на то, что пресвитериане, кричащие о незаконности казни короля, сами отстранили короля от власти в парламентской борьбе и вели военные действия с мечом в руках против своего суверена. Острые факты и блистательная логика памфлета ранили пресвитериан глубоко и в уязвимое место. Если до этого они презирали Мильтона, то после издания памфлета они были вне себя от ярости.