В Сухуме пустынников поделили на две группы. Один этап пешком погнали в Тифлис (Тбилиси). Без особых крепких башмаков из буйволиной кожи (постолов) на каменистой дороге монахи в кровь стирали ноги. Вторую партию арестованных отправили в Новороссийск и большую часть казнили. По преданию, многих погрузили на баржи и потопили в море^>68.

Монахиня Сергия после закрытия «Темных буков» надеялась найти в горах отца Стефана, но заболела и слегла с обострением туберкулеза. Она вспоминала печальную картину: плывшие по морю тяжело нагруженные баржи, переполненные арестованными монахами.

Этап, в который попал отец Стефан, выслали из Абхазии и направили в Тифлис^>69. Вначале батюшку осудили и поместили в Исправдом сроком на три года со дня ареста^>70. В Тифлисе власти образовали трудовую колонию-лагерь, так называемый Совхоз № 1 Закавказского ГПУ Грузии^>71, из прибывших монахов. В мае 1932 года наступил срок освобождения, однако заключенных Исправдома не торопились освобождать, опасаясь бунта монашествующих из Совхоза. Наиболее старых, немощных освободили, а остальным добавили еще по три года работы в Совхозе № 1, объясняя необходимость задержания тем, что заключенные находили возможности для общения с верующими тихоновского направления, а значит, занимались религиозной пропагандой. В их число попал и батюшка Стефан^>72. Один из влиятельных сотрудников ОГПУ-НКВД, впоследствии – заместитель министра НКВД Грузии, Борис Николаевич Колонтаров, после бесед с батюшкой Стефаном особенно расположился к нему. Он сам и его жена, отличавшаяся редкой красотой и изяществом, дочь бывшего вице-губернатора Тифлиса, Вера Ильинична Ермакова, были верующими людьми и в мутные послереволюционные годы страдали без духовного руководства. Супруги нашли возможность внести крупную сумму денег и освободить покорившего их сердца смиренного, молчаливого, мудрого иеромонаха. Вначале они прятали батюшку у себя на даче в качестве сторожа^>73. Затем некоторое время отец Стефан скрывался у монахинь из Дидубийского поселка, Анны (в схиме Иунии) и Мариам (в схиме Марфы)^>74. Квартира Мариам находилась недалеко от Сионского собора в Тифлисе.

В середине 1930-х годов Татьяна Ивановна Клименко нечаянно во время учебы в Московском медицинском институте встретила бывшего послушника батюшки Стефана, Филиппа Антоновича Федоренко, с письмом которого некогда впервые пришла в монастырь на Бештау. Узнав у него адрес дорогого старца, мать Сергия возобновила с духовником переписку. В одном из писем иеромонах Стефан предостерегал ее от участия в новейшем церковном расколе против митрополита Сергия (Страгородского). Считая его законным главой Русской Православной Церкви, батюшка с болью наблюдал, как раздирался хитон Христов ревновавшими о Церкви. «Грех раскола, – предупреждал он свое духовное чадо, – не смывается даже мученической кровью». Действительно, в 1929 году матушка Сергия ушла в раскол, не желая признать митрополита Сергия. «Отломившись от древа жизни… внутренне высохла, омертвела, и только по заступничеству Пресвятой, Пречистой Владычицы нашей Богородицы вернулась в лоно церкви», – писала она много лет спустя^>75.

К.С. Родионов побывал у старцев в пустыни «Глубокой» в высокогорной долине Псху в 1928 году после появления известного Послания митрополита Сергия 1927 года. Монахи при нем обсуждали этот документ. Они приняли его настороженно, но послушно. Отцы вспоминали случаи открытого сопротивления Святой Церкви государственной власти, когда власть явно нарушала Закон Христов. Так, они приводили в пример святого митрополита Филиппа, преподобного Нила Сорского. Старцы Псху соборно решили, что выступление церкви возможно лишь против беззаконных и преступных действий конкретных лиц, но не против исторически складывающихся государственных структур. Святая Церковь никогда не становилась и не должна становиться на путь революционной борьбы с государством. В России послереволюционной такая борьба стала бы контрреволюционной, вызвала бы новые кровавые потоки и новое ответное безумство страстей