Во взглядах на строение вещества Бойль не был согласен с ними обоими – ни с Аристотелем, ни с Парацельсом. Однако пока в его сознании кристаллизовались собственные идеи, политическая жизнь Англии кружилась водоворотом. В 1658 году умер казнивший Карла I лорд-протектор Оливер Кромвель, и до реставрации Стюартов и коронации Карла II не было понятно, станет ли Англия монархией или республикой. В эпоху больших перемен, когда каждый социальный институт Британии мог измениться всерьёз и надолго, университетская система не была исключением. Только смерть Кромвеля и реставрация монархии не дали открыть новый университет в Дарэме и закрыть при этом университеты в Кембридже и Оксфорде (единственный в истории британских университетов период, когда Кембридж и Оксфорд забыли обычное соперничество и единым фронтом пытались сорвать открытие вуза-конкурента и своё закрытие). Впрочем, у старейших учебных заведений Британии и без перспективы закрытия хватало проблем: парламент Кромвеля вменил в обязанность профессорам Кембриджа и Оксфорда подтверждать свою квалификацию (Academiarum examen) независимо от их прошлых успехов, а также постановил ввести в обязательную учебную программу университетов новые дисциплины, в том числе и основы ятрохимии Парацельса. Кого-то планирующееся изменение учебного стандарта обрадовало, кого-то расстроило (что касается проверки знания преподавателей, думаю, это не обрадовало никого). Догадываюсь, что читатели, имеющие отношение к средней или высшей школе нашего времени, могут примерно представить себе состояние наших коллег из далекого семнадцатого века, а с другой стороны мы должны понимать, что обязательное тестирование преподавателей и быстрое изменение учебных планов – далеко не ново, и при каждом изменении социально-политического уклада в любом государстве, в любую эпоху образование рано или поздно начинает ощущать эти изменения.

Скептицизм Бойля в отношении идей Аристотеля и Парацельса вылился в его самый главный труд. К счастью, «Химик-скептик» был написан Бойлем как попытка примирения двух противоположных лагерей химиков-теоретиков – принадлежащих к лагерю сторонников Аристотеля и последователей Парацельса. Книга написано очень корректно – уже в предисловии Бойль пишет, что человек, который хочет стать другом правде, не должен становиться врагом учтивости. Идея стилистики книги Бойля во многом повторяет стилистику Галилеевских «Диалогов о двух системах мира»: в ней безымянный рассказчик повествует об очень вежливой научной дискуссии, в которой участвует четыре человека. Книга начинается с того, что два участника диалога – сторонник Аристотеля Темистиус и приверженец учения Парацельса Филопонус – кратко излагают свои представления о мире, но быстро умолкают. Наиболее горячей является дискуссия между скептиком Карнеадесом и Элеутериусом – прямодушным естествоиспытателем. В конце концов, беседа четырёх человек превращается в монолог-лекцию Карнеадеса. Говоря о сути элементов всего сущего, Карнеадес (его устами, конечно же, говорит сам Бойль) приводит два довода. Первоначально, приводя множество экспериментальных примеров, он доказывает, что ни четыре первоэлемента Аристотеля, ни три первоэлемента Парацельса не могут дать адекватное объяснение сути процессов, происходящих тогда, когда сложные вещества взаимодействуют с огнём или сильными кислотами. Карнеадес-Бойль показывает, что процессы горения и растворения веществ в кислотах скорее могут приводить к образованию новых соединений, а не простых и не смешанных ни с чем тел, предполагая, что никакие комбинации ни трёх, ни четырёх первоначал не могут дать то богатство веществ, которое уже было известно к тому времени.