Первоначально он мечтал об освобождении от власти Габсбургов не только Трансильвании, но и всей Венгрии. Армия Бочкаи вступила в северо-восточную Венгрию, где он также был признан правителем. Драматизм положения повстанцев заключался в том, что, выступая против одного иностранного поработителя, они не могли не способствовать успехам другого. Пользуясь разбродом в Венгрии, турки осенью 1605г. вновь захватили Эстергом. После этого Бочкаи поспешил заявить о возвращении Трансильвании к положению вассала Османской империи.

С Габсбургами Бочкаи сумел в июле 1605г. заклюяить соглашени, по которому первые гарантировали соблюдение имущественных, религиозных и политических прав венгерского дворянства. Габсбургское правление на венгерских землях, находившихся под властью династии до восстания, восстанавливалось, а Трансильвания признавалась независимой (разумеется, от Габсбургов, но не от турок).

Венгерское восстание окончательно подорвало способность Германии и Венгрии вести войну против османов. Более того, заключение мира с Турцией было одним из условий договора Иштвана Бочкаи и Габсбургов. Мирный договор, подписанный 11 ноября 1605г. в Житватороке, положил конец одной из самых упорных и тяжелых войн в истории Юго-Восточной Европы. Многолетние боевые действия в центральной Венгрии привели к глубокому упадку страны. Во многих областях количество крестьянских хозяйств уменьшилось по сравнению с довоенным уровнем на 60 – 70%. В обстановке послевоенной разрухи в Венгрии началась чума, опустошавшая ее в течение большей части 17 века. Экспортный потенциал страны был подорван, и ее место на западноевропейских рынках заняли польские конкуренты.

По контрасту с громадными демографическими и экономическими потерями политический результат войны был до смешного мал. Турки отказались от требования к Габсбургам отправлять в Константинополь дань за находившиеся вне османской власти области Венгрии, а также согласились в официальной переписке именовать своих противников римскими императорами, а венскими королями.

Сопротивление румынам и немцам придало трансильванскому обществу дополнительную энергию. Несмотря на опустошения 1599 – 1604гг. Трансильвания сохранилась на порядок лучше, чем центральная Венгрия. Помогло и то, что революция Бочкаи имела немаловажную социальную составляющую. Сражавшиеся за него гайдуки получили в Трансильвании 10 000 земельных участков. Это создало значительный слой населения, обязанного своим благополучием трансильванскому государству и его правителям, а, следовательно, способного обеспечить им надежную поддержку, составить основу для сильной и преданной армии. В результате этой меры Трансильвания в еще большей степени стала страной мелких и средних собственников, того класса, который способен обеспечить экономическую и политическую стабильность государства.

Бочкаи умер вскоре по завершении восстания – в 1606г. С 1606 по 1613г. Трансильванией правил Габор Батори. Его правление оказалось неудачным. Жестокая война 1611 – 1612гг. с Валахией завершилась поражением Трансильвании и дала туркам возможность посадить более послушных им правителей и в Трансильвании, и в Валахии, и в Молдавии. Впрочем, для первой эта перемена оказалась благоприятной. Новый князь Трансильвании Габор Бетлен сумел мудро пересмтреть политику в отношении Валахии – взамен агрессии был предложен союз, который продержался несколько десятилетий.

Бетлен сумел добиться эффективной централизации власти. Был налажен более строгий сбор налогов, введена государственная монополия на ряд важных отраслей внешней торговли, поощрялось развитие горных разработок и ремесел, в результате чего доходы казны значительно возросли. На эти деньги была создана относительно большая по масштабам Трансильвании армия (15 000), набранная в основном из гайдуков и секеев. Наличие значительных доходов и сильной армии сделало Трансильванию достойным игроком в большой игре, начинавшейся в Европе.