Этот подвиг духа в практическом отношении был в некотором смысле результатом недоразумения. К этому выводу приводит анализ политического контекста гибели Аммоса и его товарищей. После нескольких лет кровавой смуты и самозванства, избрания на царство Василия Шуйского и насильственного сведения его с престола в московской властной верхушке утвердилась мысль о необходимости призвания на русский трон чужеземной династии по образцу призвания варягов. Главным претендентом на роль нового Рюрика казался наследник польского престола Владислав. Москва и многие другие русские города уже успели принести ему присягу. В Новгород из Москвы прибыл один из главных деятелей польской партии в боярской думе Иван Салтыков Большой с целью склонить новгородцев последовать примеру Москвы. Но новгородская старшина была привержена иному проекту – возведению на русский престол одного из сыновей шведского короля. Салтыков был посажен на кол, а новгородские сановники вместе с приехавшими из Москвы противниками польской партии вступили в переговоры со шведами об условиях перехода Новгорода под протекторат Швеции. Договор был, в принципе, готов. Захват города, по мысли шведского главнокомандующего, должен был показать, кто из двух договаривающихся сторон был действительным хозяином положения. На следующий день после штурма и героической гибели протопопа Аммоса и его сподвижников договор о вечном мире между обеими сторонами и признании новгородцами своим сюзереном короля Швеции был заключен. Новгородцы, в том числе новгородское дворянство и среди них Муравьевы, оказались фактически в условиях иностранной оккупации при сохранении формально союзнических отношений со шведами.

Этим объясняется тот непонятный иначе факт, что родной брат сожженного Ивана Никитича – Дмитрий по прозвищу Шаврук и его сын Матвей достаточно благополучно пережили шведское лихолетье и даже выполняли административные функции в местной администрации. Последний, кстати, прибыл в Новгород из Москвы в качестве передового гонца и разведчика Ивана Салтыкова (об этом упоминается в сохранившемся донесении Салтыкова польскому королю Сигизмунду), но, как видим, сумел избежать печальной участи своего патрона. В 1614 году он ездил в Москву выборным от новгородцев, чтобы дать там объяснения по поводу присяги, принесенной жителями города на Волхове шведам. В 1619 году был воеводой в Порхове и погиб, похоже, на этом самом посту.

Сотрудничали со шведами и другие члены рода Муравьевых. Например, Григорий Никитич, внук второго сына Муравья – Елизара. В момент подписания новгородской верхушкой договора со шведами Григорий Никитич был ладожским воеводой. После занятия Ладоги шведским гарнизоном был назначен воеводой в Тёсовский острожек. Занимался снабжением шведских войск продовольствием и фуражом. Одновременно он всеми способами, доступными в условиях фактической шведской оккупации, помогал своим соотечественникам, по тем или иным причинам оказавшимся в немилости у шведов. В частности, он вместе с другими уважаемыми новгородцами подписывал поручительства за новгородских дворян, обывателей и их жен, которых шведы подозревали в намерении вопреки запретам перебраться во владения московских царей и/или вести пропаганду в пользу такого переселения. При наличии такого поручительства подозреваемые не подвергались превентивной репрессии (арест, конфискация имущества, высылка в Швецию). Зато поручители отвечали за их поведение своим имуществом и головой. Если взятые на поруки «учнут с ким какие в мире смутные речи говорити… или без государева указу куды отъедут или изменят: и на нас на порутчиках пеня пресветлейшего и высокорожденного государя королевича и великого князя Карлуса Филиппа Карлусовича, и наши порутчиковы головы в их голову место…» – говорится в этом своеобразном документе той смутной эпохи