В 1877 г. М. Г. Субботина перевели на работу в Москву. Послужной список Субботина подтверждает, что тот «Приказом по Горному ведомству, с 25 февраля 1877 г. за № 2, командирован в Общество Московско-Рязанской железной дороги, для технических занятий, с зачислением по Главному Горному Управлению, без содержания от казны с 1877 января 12-го»74. В Обществе Московско-Рязанско-Козловской железной дороги Субботин занимал должность помощника начальника мастерских и одновременно начальника железнодорожного училища. Когда Нину Михайловну попросили рассказать, как именно она стала астрономом, она написала: «Как я стала астрономом? – Отец в молодости преподавал математику и физику в Техническом ж/д училище Рязанской ж/д. Он создавал там физический кабинет, библиотеку, а себе купил по случаю хорошую 3-х дюймовую трубу, работы Фраунфера и по вечерам наблюдал небо»75.
Работа на железной дороге требовала выполнения самых разных поручений. «Здесь он исполнял, – пишет, например, автор некролога М. Г. Субботина, – помимо своих прямых обязанностей, различные поручения правления названной дороги». Одним из таких поручений в период Русско-турецкой войны 1877 г. стала организация «вместе с князем М. И. Хилковым76, бывшим впоследствии министром Путей сообщения, составления и отправления санитарных поездов на театр военных действий». Другим поручением стала командировка в Донецкий угольный бассейн «с целью выявления пригодности тамошних углей для надобности железных дорог. Результатом этой поездки было распространение Донецких углей на железных дорогах Московского района»77.
По сведениям М. Финюковой, к этому времени, то есть началу 1880‐х гг., относится начало сотрудничества М. Г. Субботина с Сормовскими заводами. «Сначала, – пишет она, – в качестве представителя завода в Москве и по организации поставки донецкого угля (завод переходил с древесного на каменноугольное топливо)», видимо, как и московские железные дороги. Командировку правления Общества Московско-Рязанско-Козловской дороги в Донбасс Субботин, очевидно, использовал на пользу и Сормовским заводам: «В 1882 году Михаил Глебович был командирован в Донбасс для выяснения пригодности донецких углей для железных дорог, – пишет Финюкова. – В результате он продвинул вопрос о строительстве новых шахт в Макеевке, которые из частного предприятия превратились в крупное “Русское Донецкое общество”, добывавшее до 50 миллионов пудов угля в год»78. Так началось многолетнее сотрудничество М. Г. Субботина с Макеевскими копями, продолжавшееся на протяжении всей его жизни: «К этому же времени относится и начало службы Михаила Глебовича в управлении Макеевских копей И. Г. Илловайского, – отмечает автор некролога, – перешедших затем во владение Акционерного Русско-Донецкого общества. Директором правления означенных копей он оставался до самой смерти. При его деятельном участии ежегодная производительность этих копей достигала 50.000.000 пудов»79.
Нина Михайловна гордилась отцом и его работой, вспоминала о нем с восхищением. Когда в конце 1950‐х гг. Общество бестужевок, готовившее сборник воспоминаний к юбилею Бестужевских женских курсов, попросило ее написать воспоминания, большая часть написанного Ниной Михайловной оказалась посвящена деятельности ее отца: «Наш отец был почти постоянно в разъездах по службе Технического контроля железной дороги, – рассказывала она. – Или его направляли принимать рельсы, вагоны, паровозы для строящихся дорог – в Германию, т. к. своих не хватало даже для казенных дорог, а строились больше акционерные, покупавшие даже рельсы заграницей. Рус[ских] заводов было очень мало. Уголь получали из Англии (гл[авным] образом для кораблей). Паровозы топили дровами… Донбасс только начинал разрабатываться»