В июне 1642 года вернулся в Якутск с низовьев Лены Курбат Иванов, передав Головину «чертеж реке Лене и сторонним рекам, и против чертежу роспись». В том же году по приказу Головина он был отправлен в поход на верхоленских и байкальских тунгусов и бурят, «чтобы, укрепясь в их стране, быть ближе к забайкальскому серебру». Год спустя, вернувшись в Верхоленск, Курбат сделает «чертеж Байкалу и в Байкал падучим рекам и землицам», приложил к нему «распросные речи тынгусов и братцких людей про мугал и про Китайское государство и про иные землицы и на Байкале где мочно быть острогу…». Все это будет послано воеводе Головину.

В это же время Головин приступил к коренной реорганизации всей системы ясачного сбора и взятия таможенных пошлин. В 1642 году он ввел для ясачного населения твердые, причем довольно высокие индивидуальные ясачные оклады. Установление этих окладов производилось на основе переписи скота в каждом хозяйстве, то есть, чем богаче был хозяин, тем больший взимался с него ясак. Перепись была воспринята аборигенами, прежде всего наиболее состоятельными, как ущемление их прав и вызвала восстание инородцев. Волнения вспыхнули одновременно во многих волостях и улусах, в ходе которых погибли десятки русских промышленников и служилых людей. В феврале 1642 года были уничтожены отряды ясачных сборщиков Воина Шахова, Алексея Гнутого, Осипа Галкина, Остафия Михалевского, Григория Летнева. Одновременно уничтожались и русские промышленники, находившиеся на промыслах. В начале марта более 700 восставших попытались осадить Якутский острог.

Помощники Головина воевода М. Глебов и дьяк Е. Филатов, не согласные с его методами утверждения ясачного режима, выступили против него, в результате чего в Якутске началась воеводское противостояние.

Головин обвинил Глебова и Филатова в измене. Дело дошло до того, что, как писал Головин енисейскому воеводе Осипу Аничкову, «по воровскому научению воеводы Матвея Глебова, диака Еуфимья Филатова да сына боярского Парфена Ходырева учили они якутов … наших служилых людей побивать, и под острог собрався, … тайным обычаем притти ночью, караулщиков побить, пушки в воду стаскать, и острог зажечь, … а самим якутам всем велели вдаль на вершины сторонних рек отойти …, да Матвей же Глебов и дьяк Ефим Филатов приказывали служилым людям … по всем ясачным зимовьям иноземцев научать, чтоб они промышленных людей грабили и побивали, и наш бы ясак они, служилые люди, сбирая, добрые соболи имали себе, … а в ясак, клали свои худые соболи и недособоли драные и без хвостов, и то не сполна…, а иноземцам тунгусам велели отойти на иные реки, чтоб вперед нашего ясаку имать было не с кого…, и многожды научали иноземцев и русских людей … меня, Петра, убить».

Трудно сказать, в какой мере содержание этого письма соответствовало действительному положению дел. В значительной мере, видимо, так оно и было. Во всяком случае, Головин освещал ситуацию так, как он её видел и понимал.