Военная служба дала ему возможность познакомиться со многими неприглядными сторонами действительности: с делами о беглых рекрутах и злоупотреблениях помещиков, с приказами Военной коллегии, с некоторыми материалами о Пугачевском восстании, которое было в самом разгаре. Тем не менее военная служба не пришлась по душе Радищеву, и в марте 1775 года он пишет рапорт об отставке.

В том же году Александр Николаевич женился на дочери члена придворной конторы Анне Васильевне Рубановской. Средств на содержание семьи не хватало, и в 1776 году Радищев вынужден был снова поступить на службу, на этот раз в Коммерц-коллегию. Президентом ее был граф А. Р. Воронцов, который искренне полюбил умного, дисциплинированного чиновника и с тех пор навсегда остался его надежным другом и покровителем. На новом месте Радищеву пришлось не только в полной мере использовать свои юридические познания, но и глубже изучить торговое законодательство. По словам сына писателя, Николая Александровича, Радищев «показывал непреклонную твердость характера в защите правовых дел».

В 1780 году Радищев становится помощником управляющего Петербургской таможней, которым был тогда Даль. Постоянные деловые отношения с иностранцами, прежде всего с англичанами, заставили Александра Николаевича основательно изучить теперь еще и английский язык. Добросовестный Радищев, по существу, тянул все дела, так как управляющий оставил за собой лишь ежемесячные доклады императрице. Радищев был одним из самых честных и неподкупных сотрудников таможни – решительно избавлялся от нечистых на руку казнокрадов и взяточников, активно боролся с контрабандой. За грамотную разработку таможенного тарифа удостоился награды – бриллиантового перстня.

В 1783 году умерла жена Радищева, Анна Васильевна, оставив неутешному супругу троих сыновей и дочь. Воспитанием детей и ведением домашнего хозяйства пришлось заняться ее сестре, Елизавете Васильевне Рубановской. На службе все складывалось удачно – в сентябре 1785 года Александр Николаевич получает орден Святого Владимира IV степени и чин надворного советника, в 1790 году его производят в коллежские советники и назначают управляющим Петербургской таможней.

Но было у него и любимое занятие – все свободное время Александр Николаевич посвящал литературному труду. Первым напечатанным его сочинением был перевод книги французского коммуниста-утописта Г. Мабли «Размышления о греческой истории», вышедшей в 1773 году, которую Радищев снабдил собственными весьма интересными примечаниями. Писал он много и упорно, но не торопился издавать свои произведения, тем более что некоторые из них явно не прошли бы цензуру. Им был написан «Дневник одной недели», выдержанный в традициях сентиментализма и опубликованный в 1811 году, уже после смерти писателя. В 1783 году была создана знаменитая ода «Вольность», позже частично напечатанная в книге «Путешествие из Петербурга в Москву», а до этого ходившая в рукописи. В 1789 году вышла из печати книга о безвременно умершем в Лейпциге талантливом друге «Житие Федора Васильевича Ушакова». В ней автор описывает жизнь русских студентов за границей, рассказывает об их тесном кружке, размышляет о дуэлях, которые по-человечески осуждает, посвящает читателя и в некоторые других предметы дружеских споров. В 1790 году вышла еще одна книга: «Письмо другу, жительствующему в Тобольске», написанная по поводу открытия памятника Петру Великому в Петербурге и наполненная раздумьями о деятельности императора.

Радищев работал в то время и над произведениями на юридические темы. По свидетельству его сыновей, Александром Николаевичем была написана история российского Сената, впоследствии им самим же уничтоженная. Его перу принадлежит также трактат «О законодавстве».