После того как его величество покинул палату, две свечи, между которыми стояло известное распятие императора Фердинанда II, были погашены. На протяжении столетий, согласно обычаю, члены Габсбургской фамилии каждый раз приносят перед ним свою клятву.
Вскоре после этого в часовне замка Райхштадт в Богемии (Чехии) состоялось торжество бракосочетания. Супруге эрцгерцога была вручена поздравительная телеграмма от его величества, адресованная как княгине Гогенберг.
Однако даже титул княгини, пожалованный бывшей графине, не помог ей занять подобающее место при дворе. На всех официальных мероприятиях, к примеру на балах, были установлены строгие правила старшинства, согласно которым супружеские пары проходили в строгой последовательности под наблюдением главного камергера двора; и каждый раз София шла отдельно от мужа. Герцогиня должна была по мановению руки гофмейстера идти после членов различных императорских семейств и сопровождавших их фрейлин. Однажды придворный бал пришлось отменить, так как несколько знатных дам заявили о том, что они не намерены на нем присутствовать, поскольку не был определен принцип старшинства его участников. Со временем эрцгерцог предпочел проводить предпраздничные дни со своей женой вдали от Вены, пока его величество в 1910 г. не пожаловал княгине титул ее высочество княгиня Гогенберг. Теперь на балу она могла следовать сразу же за самой младшей эрцгерцогиней.
Император, главнокомандующий вооруженными силами, назначил эрцгерцога Франца-Фердинанда, который имел чин адмирала, своим заместителем. Следуя советам начальника Генштаба Конрада фон Хётцендорфа (Гётцендорфа), эрцгерцог стал оказывать большое влияние на военные дела, но ему трудно было проявить себя в области политики. Его величество, несмотря на возраст, был не из тех людей, кто подчиняется внешнему давлению, даже если в роли просителей были его близкие родственники. Он внимательно выслушивал то, что предлагали его советники, однако, и это было понятно само собой, занимая трон в течение более 60 лет, он предпочитал ничего не менять, насколько это было возможно, в государственном управлении. Было хорошо известно, что у наследника трона по отдельным вопросам были совершенно иные взгляды, чем у его дяди. Становилось все более ясным, что эрцгерцог не одобрял австро-венгерский дуализм. Франц-Фердинанд имел план реорганизации империи на основе принципа триализма и на федеративных началах. В этом пункте своего плана он вступил в конфликт с Венгрией, который выразился в его личной нелюбви к венгерской аристократии. Возможно, в этом проявилось влияние семьи его жены и ближайшего окружения. Были и другие причины, о которых ходили различные слухи.
Даже когда он командовал 9-м гусарским полком в Шопроне, эрцгерцог оказался втянутым в конфликт интересов, когда он пожаловался полковнику, что все его подчиненные говорят на венгерском. Полковник ответил, что офицеры, конечно, не будут говорить на нем в присутствии людей, не понимающих этого языка, но что в своей среде, естественно, они будут продолжать пользоваться родным языком.
Было общеизвестным фактом, что эрцгерцог часто встречался с лидерами национальных меньшинств в будапештском парламенте, в частности со словаком М. Ходжа и румынами Александру Вайда-Войводом и Юлиу Маниу.
В официальной обстановке мне редко доводилось встречаться с эрцгерцогом. Что касается светского общения, мы встречались с ним и его женой достаточно часто. Нас занимали проблемы флота, которые были в центре наших интересов. Но мы никогда не затрагивали политических вопросов.