Пламенно желая пострадать и умереть за Христа, Петр не хотел согласиться на это. Но христиане неотступно продолжали со слезами умолять его спасти свою жизнь, столь нужную для Церкви Христовой. Наконец Петр тронулся общими слезами и молениями и дал обещание уйти из Рима и скрыться. Наступила ночь, Петр в собрании всех верующих совершил молитву, простился со всеми и один пошел из города. Но вот подошел он к городским воротам и видит – навстречу ему идет в город Сам Господь Иисус Христос. Изумленный Петр поклонился Господу и спросил: «Куда идешь, Господи?» – «Иду в Рим снова распяться», отвечал ему Господь и тотчас стал невидим. Тогда Петр познал, что Христос и Сам состраждет в страданиях рабов Своих, как истинных Своих членов, и что в страданиях апостола должно прославиться Его имя. Св. апостол вернулся и на другой день был взят воинами. Вместе с ним было арестовано много верующих. Всех взятых христиан Нерон осудил на смертную казнь через усечение мечом; пощадили и отпустили только св. Климента, как царского родственника. Св. апостол Петр, на которого особенно был озлоблен Нерон, был осужден на более жестокую казнь через распятие на кресте. Петр умолил распинателей, чтобы его распяли головой вниз: он не осмеливался уподобиться в своем распятии Распятому Господу и желал преклонить голову свою под ноги Его. Желание Петра было исполнено. Испытывая жестокую боль от гвоздей в руках и ногах, св. апостол Петр в ужасных муках предал Богу непорочную душу свою. Он окончил жизнь 70 лет от рождения, 29 июня 67 года по Рождестве Христовом. Св. Церковь свято чтит память св. апостола Петра и совершает празднование ему в день его преставления, 29 июня.
Св. Климент выпросил тело своего учителя и снял его со креста. В собрании всех римских христиан Климент с честью предал погребению тело св. апостола Петра и прочих, пострадавших с ним. Честное тело св. апостола осталось в Риме, голова со временем была перенесена в Константинополь. Во время пятого крестового похода крестоносцы овладели Константинополем и со множеством другой святыни нашли и честную голову апостола Петра. Возвращаясь из шестого крестового похода, венгерский король Андрей II проезжал Константинополем и взял с собой в Венгрию в числе другой святыни и голову св. апостола.
Кроме празднования дня преставления св. апостола Петра, Церковью установлено празднование поклонения его веригам. Это те вериги, в которые Петр был закован при заключении в темницу по повелению Ирода во время первого гонения на христиан. Когда по Иерусалиму распространилась весть о чудесном освобождении апостола из темницы Ангелом, тогда некоторые из христиан тайно взяли узы, спавшие с Петра в темнице. Эти вериги св. апостола имели целебную и чудодейственную силу, исцеляли болезни и прогоняли нечистых духов. Поэтому христиане, благоговейно почитая узы апостола, передавали их из рода в род. Переходя, таким образом, от одного поколения к другому, вериги св. апостола Петра сделались достоянием Иерусалимского патриарха Ювеналия. В это время супруга греческого императора Феодосия Младшего, благочестивая царица Евдокия, прибыла в Иерусалим для поклонения святым местам. Она немало потрудилась, благоукрашая святые места, и создала немало новых церквей. Патриарх Ювеналий, видя благочестие царицы и любовь к Богу, одарил ее многими священными сокровищами и в числе их дал чудотворные вериги Петра. Привезя эту святыню в Константинополь, царица Евдокия одну из вериг положила в храме, созданном в честь св. апостола Петра, а другую послала в Рим дочери своей Евдокии, супруге римского императора Валентина III. Евдокия с радостью приняла это сокровище и, создав храм в честь св. апостола Петра, положила в нем присланный матерью дар. Тогда же найдена была в Риме и третья верига, которой св. апостол был скован в Риме по повелению Нерона, и положена в том же храме. И был установлен Церковью праздник поклонения честным веригам св. апостола Петра, совершаемый 16 января.