О суде над преподобным и его казни обстоятельно рассказывает особая повесть, составленная под сильным впечатлением скорбных событий послушниками Брестской обители святого Симеона, почитателями святого Афанасия. «Что мы видели своими глазами, что могли узнать от других людей о муках и отшествии из мира сего покойного отца Афанасия, нашего игумена, о том пишем и свидетельствуем. Кто-то недобрый в то время поднял войну с казаками: и встали великое преследование и неосновательное подозрение от иноверных на бедную Русь во всей короне Польской и великом княжестве Литовском. Покойный отец игумен уже не говорил ничего, противного униатам, сидел себе тихо в монастыре в то тревожное время. Вдруг паны из каптуровых судов[13] воеводства Брестского по навету пана Шумского, в то время капитана королевской гвардии, прислали несколько человек шляхты в наш монастырь, чтобы взять игумена в замок. А был тогда день субботний, именно 1 июля, и покойный сам служил литургию в храме Рождества Пречистой Девы Богородицы в другом своем монастыре[14].

Когда он, находясь у престола, заметил в церкви, как раз во время пения «Иже Херувимы», шляхту, за ним пришедшую, – сильно встревожился, как бы впал в забытье и стоял долго, ничего не совершая, так что можно было пропеть Херувимскую песнь в другой раз. Потом оправился, опять начал служить и всю литургию окончил чинно. А по окончании обедни выслушал от шляхты, что она пришла за ним, и немедленно, никуда не заходя из церкви, взявши с собой другого брата, пошел в замок. Там, став перед панами судьями, начал сперва громко говорить им и с почетом к судьям привел то, что святой апостол Павел был перед царем Агриппою и считал себя счастливым, так как знал, как ему защищаться (см.: Деян. 26, 1–2). Но паны судьи отнеслись с презрением к речи покойного игумена и, не слушая больше, приказали доносчику, названному пану Шуйскому, начать докладывать дело против него о посылке каких-то листов и пороху казакам. А отец игумен отвечает на это: «Милостивые паны! Это клевета и ложный вымысел, будто я посылал листы или порох казакам. Ведь вы имеете немало дозорщиков, пошлите за ними, и пусть они покажут, если я когда-нибудь и куда-нибудь отправлял порох. Что касается листов, то пусть ябедник приведет какое-нибудь доказательство, что я посылал их, как он клевещет». Тогда немедленно послали доносчика Шумского и других при нем, чтобы перерыли наш монастырь и отыскали порох и листы. А когда ничего не нашли там и уже уходили назад, доносчик отрыгнул злобу свою и сказал гайдукам[15]: «Что же вы не подкинули какого-нибудь мешочка с порохом и не донесли, что нашли тут у монахов».

Увидали затем и сами паны судьи, что не было никаких доказательств вины игумена, а одна только пустая молва, вернее клевета, и успокоились. Но стали допрашивать о другом предмете и сказали: «Но ведь ты унию святую бесчестил и проклинал?» Положивши на себя знамение креста Господня, покойный отец игумен в ответ на это произнес: «Ужели, милостивые паны, вы за то велели мене явиться к вам, что я бесчестил и проклинал вашу унию? Что я говорил на сейме в Варшаве перед его милостью королем Владиславом IV, господином своим яснейшим, и перед пресветлым его сенатом, что всюду провозглашал по воле Божией, то утверждаю и теперь пред вами: проклята ваша теперешняя уния, и ведайте по сущей правде, что если ее не истребите в своем государстве и Православной Восточной Церкви не умирите, навлечете на себя гнев Божий». А сказал это громким голосом, чтобы и те, кто был поодаль, могли хорошо слышать. Сейчас же на эти слова некоторые крикнули: «Казнить, четвертовать, посадить на кол такого схизматика!» И уже начали было его толкать от одного к другому и рвать во все стороны. Но паны судьи велели всем на время из избы выйти и, потолковав между собой, говорят отцу игумену: «Ты заслужил, чтобы тебя сейчас же предать позорной смерти (и она не минет тебя). А теперь мы приказываем взять тебя в темницу, пока не получим какого-либо указания из Варшавы».