Страну лихорадило. Вернувшегося из Рима с войсками Птолемея поддержал гарнизон Александрии, представители которого на собственных шкурах ощутили, что значит из огня да в полымя. Царствование Береники закончилось в 55 году до н. э. когда ее отец вернул себе трон с помощью римлян под командованием Авла Габиния. Первым же приказом он повелел Беренику обезглавить. Голову дочери принесли удовлетворенному отцу на подносе. Видевшая все это Клеопатра усвоила урок – проигравшие милости не достойны. В Египте осталось многочисленное римское войско, чтобы обеспечить Авлету прочное положение на троне. Теперь все римляне, у которых Авлет занимал деньги, пока жил в изгнании, стали докучать действующему царю требованиями расплатиться. Афиней писал: «Все сокровища царя Птолемея Филадельфа, сберегавшиеся столь долгое время, были пущены на ветер последним Птолемеем, ввязавшимся в Габиниеву войну и показавшим себя не мужем, а флейтистом и фокусником». Авлет недолго прожил после возвращения на престол. С этого момента началась новая веха в жизни девушки. Но реальную власть она получила еще не скоро.

Завещание Птолемея XII, умершего в марте 51 года до н. э., передавало престол семнадцатилетней Клеопатре и ее младшему брату Птолемею XIII, болезненному мальчику, которому тогда было около 9 лет и с которым она вынужденно сочеталась формальным браком – согласно обычаю династии Птолемеев, женщина не могла царствовать самостоятельно. По идее, вся власть должна была оказаться в руках старшей царицы, однако все оказалось не так просто. Воспитатель Птолемея, Потин, был весьма честолюбив и пытался принимать решения за молодого фараона. Сложность ситуации заключалась еще в том, что Потин был евнухом, а значит, на него обаяние Клеопатры не могло подействовать.

Внешнеполитическая ситуация тоже была сложная. Началась гражданская война в Римской империи между Помпеем и Юлием Цезарем. В 49 году до н. э. Помпеи Младший объявился в Александрии, чтобы просить у Египта корабли, войска и деньги. Восточные владыки и народы в грядущей войне в основном держались великого Помпея, а дети Птолемея Авлета, которого вернул на престол человек Помпея Авл Габиний, имели перед ним особые обязательства. Поэтому Помпеи сумел получить у Египта эскадру примерно в пятьдесят кораблей, запас продовольствия и пятьсот воинов «габинийцев». Оккупационная армия, в свое время помогавшая Авлету вернуться на престол и состоявшая в основном из галлов и германцев, еще стояла лагерем у Александрии. Эти иностранные воины были не прочь навсегда поселиться на землях Египта, женившись на местных жительницах.

Клеопатра отлично понимала, как мало значит слово женщины, пусть и царицы, против происков опытного интригана и царедворца Потина, имевшего мощную группу сторонников и обширные связи. Ей нужна была поддержка, а сила в то время была за Римом. Гней Помпей Младший первым попал в ее сети. Любовник был от нее в восторге и, проведя несколько ночей с царицей, стал ее преданным поклонником. Но Клеопатра недолго наслаждалась своим триумфом. Гай Юлий Цезарь разбил Помпея в битве при Фарсале. Потин и его клика немедленно воспользовались ситуацией, обвинив царицу, что это она приняла решение о помощи проигравшим, предав египтян и подставив их под карающие римские мечи, чтобы свергнуть брата, – и народ поднялся против молодой царицы.

Клеопатра бежала из города и принялась формировать армию. Отправившись в Сирию, она набрала воинов из арабских племен за восточной границей и выступила на Египет. Потин и его клика собрали войско и вместе с мальчиком-царем преградили ей путь у города Пелусия. Тем временем разбитый Помпей бежал в Египет, надеясь, что старые узы, которые связывали его с царской семьей, обеспечат ему надежное убежище. Однако направился он не в Александрию, а в лагерь юного царя на побережье у Пелусия. Окружение Птолемея XIII сначала обещало изгнаннику помощь, но затем втайне было принято решение убить Помпея, чтобы этим заслужить благосклонность Цезаря. В конце сентября 48 года до н. э. Помпея закололи мечом, когда перевозили в лодке с корабля на берег. Убийство произошло на глазах тринадцатилетнего мальчика-царя, который с берега смотрел на злодеяние, облаченный в пурпурную хламиду. Этим жестом дворцовая клика надеялась продемонстрировать победителю, что они отреклись от всех связей с его врагами, и таким образом заслужить его лояльность. Однако через несколько дней после убийства у Пелусия Цезарь, следовавший по пятам за беглецом, прибыл с эскадрой к Александрии. Голову Помпея Цезарю принесли на корабль, но это не заставило того уплыть прочь. Цезарь решил войти в Александрию с теми небольшими силами, которые были на его кораблях. Он высадился, прошел по улицам со знаками отличия римского консула и водворился во дворец Птолемеев. Александрийцы встретили по сути оккупационные войска весьма недоброжелательно.