Рассказывают, что за несколько дней до кончины мужа она отказывалась покинуть его даже для того, чтобы принять необходимые прохладительные напитки, и когда 1 января 1496 года всё закончилось, её отчаяние было настолько сильным, что она потеряла сознание. После чего графиню отнесли в её собственные покои. С разбитым сердцем и страдающая из-за телесной болезни, она с готовностью подчинилась обычаю, который обязывал знатных вдов проводить свой траур в строгом уединении в течение сорока дней. Луизе было всего девятнадцать лет, когда она овдовела. Её дочери Маргарите не исполнилось и четырёх лет, а Франциску было всего пятнадцать месяцев. Вероятно, из уважения к покойному мужу, графиня продолжала опекать также его внебрачных дочерей, выдавая их замуж по мере их взросления. Кроме того, она оставила при себе Антуанетту де Полиньяк и Жанну Ле Комт. Если первая была её близкой подругой, то второй она доверила заботу о детях. Что же касается её свекрови, то Маргарита де Роган скончалась в том же, 1496 году.

Положение молодой и красивой вдовы было очень щекотливым. У неё было мало надежды на поддержку со стороны королевского двора, который ещё при жизни её мужа относился к ней с пренебрежением. По воле злого рока, сердечная дружба между королём Карлом VIII и его кузеном графом Ангулемским так и не была восстановлена. В то время как Людовик Орлеанский, который мог бы поспособствовать этому, в свою очередь, был отлучён от двора.

Карл Ангулемский очень доверял своей жене. Это подтверждается его завещанием: он назначил Луизу опекуншей их детей, исполнительницей своей воли и управительницей своими землями до совершеннолетия Франциска. Но герцог Орлеанский, как его ближайший родственник, оспорил завещание и сумел добиться права вето в отношении вдовы в финансовых вопросах.  Несмотря на то, что у Луизы было мало денег, ей все же удавалось пополнять библиотеку мужа книгами.

Храбрая сердцем и сильная духом, она не отступила перед превратностями судьбы. Любимые дети стали её утешением, тем более, что только через них она могла удовлетворить своё честолюбие. По истечении отведённого ей периода изоляции от мира молодая вдова удалилась в собственный замок Роморантен и усердно приступила к делу, которое так сильно её волновало, – воспитанию детей. Оставшуюся часть 1496 года и последующие двенадцать месяцев она, вероятно, тоже провела в уединении, так как все мемуары и хроники этого периода умалчивают о её передвижениях и действиях.

6 апреля 1498 года в Амбуазе внезапно скончался Карл VIII, поражённый приступом апоплексического удара из-за того, что ударился головой о притолоку двери. Так как он не оставил прямых наследников, новым королём стал его кузен, герцог Орлеанский, принявший имя Людовика XII. Таким образом, за пять дней до своего шестилетия, Маргарита радостно сообщила своему брату:

– Теперь Вы – первый принц крови и наследник французской короны!

Однако на самом деле маленькому Франциску всё ещё было далёко до престола.

Уже в шесть лет Маргарита Ангулемская обнаружила замечательный ум, оправдав честолюбивые надежды своей матери. Однако заботы о том, как сохранить наследство сына, отбирали у Луизы Савойской слишком много времени, чтобы позволить ей посвятить себя исключительно детям. Поэтому она решила принять помощь дамы, образование и положение которой позволяли стать гувернанткой юной принцессы. Как только об этом стало известно, многие знатные женщины стали предлагать ей свои услуги, претендуя на эту почётную должность (ведь Маргарита была родной сестрой предполагаемого наследника престола). Вероятно, это доставило удовольствие молодой вдове, долгое время терпевшей пренебрежение придворных. Однако проницательная графиня не поддавалась ни на лесть, ни на запоздалые заявления о преданности. В конце концов, её выбор пал на Жанну де Шатийон, мудрую и добродетельную даму с безупречной репутацией, чей муж, Жак де Шатийон, был камергером короля и занимал ту же должность при Карле VIII. Будучи наследницей графского рода, она пользовалась большим уважением при королевском дворе. Поэтому, когда Луиза Савойская попросила в своём письме к Людовику ХII одобрить это назначение, король немедленно дал своё согласие, и, вдобавок, послал приглашение графине Ангулемской и её отпрыскам навестить его в Шиноне.