После запрещения «Нашей газеты» в августе 1906 г. Водовозов заведовал иностранным отделом и состоял членом редакций заменивших ее газет – «Товарищ» (август 1906 г. – декабрь 1907 г.), «Столичная почта» (октябрь 1906 г. – март 1908 г.), «Наш век» (январь 1908 г.), «Наша газета» (март 1908 г., январь – апрель 1909 г.), «Правда жизни» (декабрь 1908 г. – апрель 1909 г.), участвуя и в других периодических изданиях. Кускова, с которой Водовозов был связан многолетним товариществом – не только по работе в демократической прессе, но и политическими пристрастиями, считала, что настоящим его призванием являлись «познание и претворение точных научных данных в популярную газетную, журнальную статью или брошюру, доступную массовому читателю». Водовозов «был ценнейшим сотрудником всякого литературного предприятия именно потому, что его энциклопедизм всегда сочетался с добросовестностью, почти скрупулезным отношением к объективной постановке проблемы или фактов. Заскакивать вперед, оперировать “интуицией” вместо анализа или же кормить читателя отсебятиной вместо сообщения ему точных данных по данному предмету он не любил. В редакции мы шутя называли его “энциклопедическим словарем”, а в энциклопедических словарях он был незаменимым работником именно в силу этого пристрастия к точному и четкому знанию»46. Другой коллега, А. М. Хирьяков, отмечал, что, хотя Водовозов не посвятил себя преподавательской деятельности, наследственность сказывалась в его стремлении выражать свои мысли «в наиболее ясных, точных и удобовоспринимаемых формах», и даже самый склад речи был характерно педагогическим: «Он отчеканивал фразу за фразой, как бы стараясь вдолбить в головы слушателей с наибольшей прочностью те воззрения, которые считал правильными. Как сейчас вижу его с характерным потряхиванием головы и укоризненно повторяющим: “глаза, господа, даны человеку для того, чтобы видеть, а не для того, чтобы только моргать, а уши даны, чтобы слушать, а не хлопать ими”»47.
В конце 1904 г. Водовозов стал одним из инициаторов проведения совещания представителей периодических изданий, на котором обсуждалась идея созыва I Всероссийского съезда русской печати. Состоялся он только в июне 1908 г. и, помимо решения профессиональных задач, обсудил, как отметить 80-летие Л. Н. Толстого. Водовозов, избранный одним из секретарей «комитета съезда повременной печати», нес большую часть его практической работы: от составления и рассылки «циркуляров», приглашавших зарубежных деятелей присылать статьи для «толстовского» сборника, а редакции – их номера, посвященные юбилею, до чтения лекций