С 1891 г. Водовозов сотрудничал в московском журнале «Юридический вестник» и посылал корреспонденции в столичный еженедельник «Неделя», в котором еще до ареста, с декабря 1886 г., вел рубрику «Политические известия». После возвращения в Петербург литературная работа, которой в ссылке удавалось заниматься только урывками, стала главным делом его жизни: он много печатался в журнале «Мир Божий», писал статьи для Энциклопедического словаря Ф. А. Брокгауза и И. А. Ефрона, в качестве корреспондента газеты «Русская жизнь» побывал в 1893 г. в Германии, а в 1894–1895 гг. – в Болгарии, дипломатические отношения которой с Россией были уже почти десять лет как разорваны. Именно благодаря очеркам «Стефан Стамбулов» в журнале «Русское богатство» (1895. № 4) и «По Болгарии. Из воспоминаний о поездке 1894 г.» в «Вестнике Европы» (1895. Т. 5. Кн. 9/10) Водовозов стал известен широкому кругу читателей. В декабре 1895 г. Водовозов с женой обосновался в Киеве, а в июне 1896 г. ему дозволили недельное пребывание в Петербурге в связи с кончиной младшего брата, умершего 25 мая, тоже от чахотки, в Вене. Автор биографического очерка о Мальтусе (СПб., 1895) и посмертно изданного сборника «Экономические этюды» (М., 1896), Н. В. Водовозов женился на дочери совладельца торгового дома и судоходного общества «Добровольный флот», основав с ней издательство, в котором в 1899 г. под псевдонимом В. Ильин вышли первые ленинские труды – «Экономические этюды и статьи», «Развитие капитализма в России».

В феврале 1897 г. Водовозов в качестве корреспондента газеты «Русь» отправился в Австрию, где проходили парламентские выборы, но, арестованный, был выслан из страны. В том же году он написал свою первую книгу – «Материалы для характеристики положения русской печати», которую без указания имени автора издал «Союз русских социал-демократов» в Женеве. В мае Водовозов опять уехал в Германию и провел там почти полгода, а вернувшись в Россию, вместе с Н. А. Бердяевым, С. Н. Булгаковым (женившимся на сестре издательницы М. И. Водовозовой), А. В. Луначарским, М. Б. Ратнером и Е. В. Тарле принял участие в деятельности Киевского литературно-артистического общества, на собраниях которого выступал с рефератами или в качестве оппонента. Но, так как получить официальное разрешение для чтения публичной лекции было сложно, чаще приходилось выступать нелегально в частных квартирах, и 29 апреля 1900 г. Водовозов с женой был арестован на реферате Луначарского о Г. Ибсене. Предполагалось, что Водовозов и Тарле будут оппонировать докладчику, но вместо этого оба оказались в одной тюремной камере.

В ноябре 1900 г. Водовозов в очередной раз уезжает в длительную заграничную поездку по Европе, из которой возвращается только в мае 1901 г. «Живя в Киеве, – писал он, – я имел близкие отношения с обеими политическими партиями того времени, социал-демократической и социал-революционной, не вступая активно ни в ту, ни в другую. По общей программе мне были ближе социал-демократы, но их сектантский дух и кружковщина отталкивали меня от них, и я по большей части играл роль своего рода маклера между двумя партиями, стремясь к их сближению между собой и к общим действиям»26. В возможность близкой победы социализма Водовозов уже решительно не верил и, наблюдая «линяние» европейской социал-демократии, отход ее от марксистской революционной ортодоксии и стремление приспособиться к буржуазному миру, сгладить противоречия, взять курс на «бесконечное» движение в сторону постепенного реформирования общественного строя, предрекал неизбежность победы социал-ревизионизма. Он указывал, что исходной точкой его мировоззрения, сильно окрашенного в пессимистические цвета, было разочарование в социализме, убеждение, что это не научное учение, а, по сути, религиозное.