Убийство Уаскара было кульминацией истребления ветви королевской фамилии из Куско, и оно немедленно дало Атауальпе личное преимущество. «Так он обычно поступал со своими братьями <…> потому что, по его собственным словам, он убил многих из них, кто пошел за его братом [Уаскаром]». Среди предметов, которыми очень дорожил Атауальпа, была голова Атока, одного из полководцев Уаскара, который взял Атауальпу в плен под Томебамбой и потерпел поражение в первом же сражении гражданской войны под Амбато, южнее Кито. Кристобаль де Мена видел эту «голову, обтянутую кожей, с волосами и высохшей плотью. В ее стиснутых зубах было зажато серебряное горлышко. Сверху к голове была приделана золотая чаша. Атауальпа имел обыкновение пить из нее, когда ему напоминали о войнах, развязанных против него его братом. Ему наливали чичу в золотую чашу, и он пил ее из горлышка во рту головы».

Атауальпа продолжал закреплять свой успех в гражданской войне другими способами, находясь в Кахамарке. По словам Педро Писарро, два единокровных брата [Атауальпы] Уаман Титу и Маята Юпанки попросили разрешения у губернатора Писарро уехать из Кахамарки к себе домой в Куско. Хотя испанцы и вооружили их мечами, Атауальпа подослал к ним людей, чтобы те убили их в пути. Два других брата прибыли в Кахамарку в середине 1533 года; одним из них был Тупак Уальпа, человек, у которого теперь, после смерти Уаскара, были наибольшие права на то, чтобы стать преемником Уайна-Капака. «Они приехали тайно из страха перед своим братом… Они спали возле губернатора, потому что они не осмеливались ложиться спать в каком-нибудь другом месте» и «не выходили из своей комнаты, притворяясь больными в течение всего времени, что Атауальпа был там. [Тупак Уальпа] делал это из страха перед Атауальпой, который мог подослать к ним убийц и расправиться с ними, как он это сделал с другими братьями».

Междоусобные войны порождают неистовые страсти и сильную ненависть. Поведение Атауальпы было понятно с точки зрения его собственных притязаний на трон Инки, но было трагичным перед лицом иностранной угрозы. Страна оказалась лишенной руководства и единства в момент, когда и то и другое ей были нужны больше всего. Если бы испанцы появились здесь год спустя, они бы попали в страну, которой бы твердо правил Атауальпа. И, как писал Педро Писарро, «если бы Уайна-Капак был жив, когда испанцы пришли на эту землю, было бы невозможно ее завоевать, так как он пользовался огромной любовью своих подданных… А также если бы страна не была разделена войной между Уаскаром и Атауальпой, мы не смогли бы вторгнуться в нее или завоевать ее, если только больше тысячи испанцев не прибыли бы одновременно. Но в то время было невозможно собрать вместе даже пять сотен человек, потому что людей было так мало, а также потому, что страна пользовалась дурной репутацией».

Атауальпа однажды попытался помериться силами с испанцами. Он предложил, чтобы один из людей Писарро вышел бороться против местного великана по имени Тукуйкуйучи. Писарро принял вызов и назначил на поединок крепкого Алонсо Диаса. Индейский боец явился обнаженный, с коротко подстриженными волосами. Сначала победа склонялась в его сторону. Но Диас вывернулся, поймал Тукуйкуйучи в смертельный захват и задушил его. Благоговение индейцев перед испанцами возросло еще больше.

Понадобилось некоторое время, чтобы собрать золото и переправить его через всю империю в Куско. Вторая половина ноября и декабрь 1532 года прошли без происшествий, если не считать прибытия партии золота «в виде удивительно больших брусков, ваз и кувшинов вместимостью до двух арроба. Некоторые испанцы, которых назначил для этого губернатор, начали ломать эти предметы, чтобы [комната] вместила больше золота. [Атауальпа] спросил их: «Зачем вы это делаете? Я дам вам столько золота, что вы насытитесь им!» Нетерпеливые конкистадоры начали надоедать Инке требованиями доставить обещанное золото. Он возбудил их аппетит описанием сокровищ двух крупнейших храмов империи: храма Солнца Кориканчи в Куско и великой усыпальницы и храма прорицаний Пачакамака, расположенного в прибрежной пустыне южнее современной Лимы. Атауальпа предложил Писарро послать испанцев надзирать за разграблением этих святынь – сам Атауальпа, вероятно, не видел ни одного храма и мог себе позволить не испытывать сантиментов по отношению к ним. Его больше заботило поклонение его собственным предкам – Инкам, и он отдавал строгие приказы, чтобы не трогали ничего, связанного с его отцом Уайна-Капаком. Его ближайшей целью было собрать выкуп, и ее можно было достичь, только забрав золото из храмов. Возможно, Атауальпа имел основания бояться, что жрецы в храмах предпочтут спрятать свои сокровища, чем пожертвовать ими для спасения узурпатора.