Швейцарии пришлось адаптировать некоторые составляющие Sonderfall. Во-первых, претерпело изменение определение нейтралитета. Во-вторых, после референдума 1989 г., треть участников которого призвала к упразднению армии, были проведены реформы, в результате которых сократилась численность военнослужащих и была пересмотрена роль армии как внутри страны, так и за рубежом. В-третьих, правительство инициировало тщательное расследование действий Швейцарии во время войны. Результаты показали, что хотя многие обвинения были беспочвенны, страна далеко не всегда выполняла взятые на себя гуманистические обязательства. Швейцарское правительство принесло извинения и выступило с предложением создать Фонд солидарности для выплаты компенсаций. Банки получили указание провести поиск «спящих» счетов (было найдено 5570 таких счетов), и заключить глобальное соглашение о компенсациях. Эти шаги встретили сопротивление традиционалистов, которые старались блокировать деятельность Фонда.

В то же время рост Европейского сообщества, создание единого рынка и углубление интеграции в преддверии подписания Маастрихтского договора ставили под угрозу взаимоотношения Швейцарии с Европой. Так как рекомендации, предложенные в 1984 г. в ходе Люксембургского процесса, не были реализованы, Швейцария приветствовала переговоры 1990 г., которые привели к заключению соглашения о Европейской экономической зоне в октябре 1991 г. К сожалению, соглашение не позволяло Швейцарии в полной мере влиять на принятие решений, а значит, не обеспечивало должного отношения к ее независимости. Хотя заявление о вступлении в ЕС было подано в мае 1992 г., страна не получила статуса полноправного члена. В результате заявление лишь усложнило решение вопросов, касающихся Европейской экономической зоны. Снижение доверия к правительству и разногласия между представителями аграрных регионов, ориентированными на внутреннее развитие, и нацеленными на внешние контакты представителей урбанизированных районов (в особенности во франкоязычных областях) разрушило планы вступления в ЕЭЗ (решение было отклонено по итогам референдума, проведенного 6 декабря 1992 г.).

Таким образом, из-за внутренних разногласий страна была вынуждена вернуться к двусторонним соглашениям с ЕС. Кроме того, Швейцария лишилась конкурентного стимула, который получили от присоединения к единому рынку ЕС такие страны, как Австрия. Переговоры шли медленно и трудно. Фактически они завершились только в 1998 г. В мае 2000 г., несмотря на ожесточенное сопротивление оппозиции, было получено одобрение общественности, и в июне 2002 г. начался поэтапный процесс вступления в силу двусторонних соглашений. Вероятность вступления в ЕС снизилась еще больше из-за того, что сторонники сотрудничества с Европой стали требовать немедленного начала переговоров о вступлении в союз. Их инициатива потерпела поражение в марте 2001 г., и власти были вынуждены приступить ко второму раунду двусторонних переговоров, которые были успешно завершены в 2004 г. Большая часть соглашений не вызвала возражений, однако присоединение к Шенгенскому и Дублинскому соглашениям было встречено в штыки. Острое сопротивление вызвали также расширение прав на свободное перемещение жителей новых восточных членов ЕС и финансовая поддержка этих стран. Всенародное одобрение этих соглашений незначительным большинством голосов было получено лишь в 2005–2006 гг. Иными словами, внешняя политика, направленная не на поддержку Sonderfall, вызывала экономическую неопределенность и глубокие политические разногласия.