Новым градоначальником хотели видеть исключительно Федота Шилова.

После манифеста государя от 17 октября 1905 года, которым он пытался утихомирить революцию, даровав парламент, евреи в «Черте оседлости» выражали недовольство и восставали, они желали продолжения революции.

Эти события имели отклик среди народа в виде еврейских погромов по всей империи. Весной 1906 года нерчинские черносотенцы организовали еврейские погромы, народ активно принял в них участие. Федот видя это пытался, объяснять людям, что евреи тоже угнетены царской властью и грабить купцов не нужно.

Федот Самойлович обратился к толпе мужиков с гневной речью: «Это не революционный погром богачей, как некоторые пытаются оправдаться, а черносотенный погром евреев, который на руку одной лишь царской власти». Купцы после этого всячески поддерживали Федота, видя в нем своего сторонника и защитника. Новых попыток погромов в Нерчинске не предпринимали. После этого случая черносотенцы организовали неудачную попытку убийства братьев Шиловых. Они в свойственной им манере, громко и вызывающе направились к дому Шиловых. Кричали о необходимости расправы над братьями и всей семьей.

Федот встретил разъяренную толпу русских националистов молча. Он просто стоял, смотрел и слушал отборную брань, адресованную в его адрес и всей его семьи. Вскоре на выручку Федоту примчались его сторонники, черносотенцы вынуждены были ретироваться.

К концу 1906 года революция пошла на убыль.

За участие в революции был арестован Степан Шилов, позднее выслан в Австрию, затем перебрался в Швейцарию. Федоту скрываясь от властей направился на строительство Амурской железной дороги. Следующие десять лет для него прошли относительно тихо, но мечты революции он не забросил.

В 1917 году в Нерчинске был тайно создан подпольный большевистский совет, во главе его конечно же встал Федот Шилов. На одном из заседаний с докладом о том, что скоро Чита будет занята подконтрольными Советам войскам, и нерчинцам тоже пора действовать, выступил брат Федота Дмитрий.

После агитационной работы казаки 2-го Нерчинского полка приняли резолюцию о поддержке Советской власти и избрали депутатов в объединенный Совет рабочих и казачьих депутатов.

20 декабря 1917 года в Нерчинске была установлена Советская власть. 8 февраля 1918 года планы десятилетней давности, сделать Шилова градоначальником осуществились, Федот Самойлович был избран председателем Нерчинского Совета. Через несколько дней в город прибыл с фронта 2-й Нерчинский полк. Теперь в распоряжении Совета были надежные вооруженные силы». К весне 1918 года 1500 казаков и крестьян выступили против Советской власти на стороне атамана Семенова. Нерчинск был окружен белыми. Федоту Шилову каким-то образом удалось уговорить командование белых выпустить его вместе с верными ему людьми из города.

В концу августа Читу заняли чехословацкие легионеры, 1 сентября вступили части ОМО, 6 сентября японцы. 28 августа Урульгинская конференция принимает решение перейти от легальных методов ведения борьбы к нелегальным, то есть по сути это день начала партизанской борьбы в Забайкалье.

Федот Самойлович уехал в Благовещенск, где жил и работал на конспиративной квартире под именем Налобина. Вскоре был арестован. Выйдя из тюрьмы Федот отправился в тайгу в партизанский отряд брата Дмитрия. После гражданской войны Федот Самойлович жил в Хабаровске. Умер в 1937 году не сумев пережить арест и обвинение сына «врагом народа». Перед смертью в знак протеста в ложном обвинении выбросил партбилет.