Границы заповедника предпочтительнее проводить по водоразделам, стремясь к тому, чтобы заповедник был расположен в пределах одного речного бассейна. Однако это далеко не всегда выполнимо. Следует учитывать также перспективы организации охраны заповедника, расположение населенных пунктов, дорог, троп и т. п.

Один из наиболее сложных и трудоемких разделов проектирования – сбор материалов, необходимых для составления землеустроительного дела. Эта работа выполняется в лесхозах, леспромхозах, колхозах, совхозах, отделах землеустройства и т. п. Учитывая принципиальные интересы охраны природы, необходимо тем не менее реально подходить к проблеме создания заповедника, всесторонне учитывать возникающие трудности и тем самым предотвращать конфликтные ситуации. Опыт показал, что в случае конфликта с интересами хозяйственных организаций проект заповедника обычно не удается воплотить в жизнь.

Наибольшие трудности возникают в случае необходимости изъятия из хозяйственного пользования сельскохозяйственных угодий, а также лесов, закрепленных в качестве лесосырьевых баз за леспромхозами. В отдельных случаях против намечаемого заповедания территории могут возражать представители рыбного и охотничьего хозяйства. В связи с широко развитыми в нашей стране геологоразведочными работами большое внимание следует уделять также согласованию проектов заповедников с организациями Министерства геологии и охраны недр.

При проектировании заповедников необходимо учитывать интересы развития туризма и отдыха трудящихся. В соответствии с природоохранным назначением заповедников необходимо избегать включения в их пределы объектов, особенно привлекательных для туристов и местного населения. Еще Д.К. Соловьев (1920) указывал, что при организации заповедников необходимо учитывать интересы и традиции местного населения, поскольку это позволяет избежать впоследствии многих осложнений.

Заповедник предпочтительнее учреждать в границах одного административного района. Населенные пункты и дороги общего пользования, если они имеются в пределах заповедника, составляют особую категорию земель. Центральную усадьбу заповедника желательно размещать на его территории или в непосредственной близости от нее. Если опыт создания поселков для сотрудников заповедника в большом отрыве от ближайшего достаточно крупного населенного пункта не всегда себя оправдывал (трудности со снабжением, обучением детей, оказанием медицинской помощи, доставкой почты и т. и.), то и перемещение центральной базы заповедника в ближайшие к заповеднику крупные населенные пункты нельзя считать правильным. Проводить в заповеднике научные работы экспедиционным способом – это значит лишиться возможности использовать главное преимущество заповедной системы— вести непрерывные и постоянные наблюдения. Экспедиционный способ наблюдений может быть оправдан только в особенно суровых условиях, например в Арктике или высоко в горах. Оптимальным решением представляется устройство центральной усадьбы в небольшом, но благоустроенном поселке близ границ заповедника, имеющем постоянные пути подъезда.

Одновременно с выбором места усадьбы намечается сеть кордонов, опорных пунктов и баз. Для этого желательно использовать пустующие или освобождающиеся строения (бараки, избушки и др.) на территории будущего заповедника. После завершения полевых работ в районном и областном центрах проводится обсуждение результатов обследования, и в оптимальном случае принимается окончательное решение о целесообразности организации заповедника. Однако принимать такие решения и тем более направлять соответствующие ходатайства в Совет министров республики правильнее лишь после представления экспедицией окончательного проекта.