Новый зигзаг карьеры В. Б. Лопухина косвенно был обусловлен реформированием государственного строя Российской империи, которое происходило в 1905–1906 гг. и закончилось изданием Основных законов 1906 г. и открытием в апреле этого года I Думы. В. Б. Лопухин воспринял все эти преобразования положительно, что предопределила фамильная традиции Лопухиных. «Нигилистов и вольнодумцев между моими дядями Лопухиными не было, – вспоминал Е. Н. Трубецкой, описывая в т. ч. и отца В. Б. Лопухина, – но характерно, что, в отличие от дядей Трубецких, которые все начинали свою службу в гвардии, мои дяди Лопухины все были судебными деятелями, притом либеральными: мягкая душа и гибкий ум Лопухиных сразу восприняли облик “эпохи великих реформ”. Благодаря этому вся атмосфера, в которой мы выросли, была пропитана тогдашним либерализмом особого, судебного типа»[23]. С Е. Н. Трубецким полностью соглашался его сын С. Е. Трубецкой, двоюродный племянник В. Б. Лопухина.

С. Е. Трубецкой, упоминая про данную отцом «талантливую характеристику двух “стилей” – трубецковского и лопухинского, сочетавшихся и боровшихся в их семье», писал: «Сам Папа был более проникнут либеральным стилем лопухинской семьи, и в нашей собственной семье этот стиль чувствовался сильнее, чем стиль старотрубецковский»[24]. Понятно, что если лопухинский либерализм оказывал влияние даже вне семьи Лопухиных, то ее представители, в т. ч. и Владимир Борисович, разделяли либеральные взгляды не за страх, а за совесть. Как либеральный бюрократ он и был востребован единомышленниками из высшего чиновничества, внеся свой вклад в дело преобразований начала XX в.

Еще до начала заседаний народного представительства министерства принялись за подготовку реформаторских законопроектов, намереваясь внести их в Думу. В частности, Министерство финансов приступило к разработке законопроекта о введении подоходного налога, проходившей под руководством директора Департамента окладных сборов Н. Н. Покровского, который ранее, в Государственной канцелярии, являлся непосредственным начальником В. Б. Лопухина. Отдавая должное его способностям, Н. Н. Покровский пригласил своего бывшего подчиненного перейти в Министерство финансов для непосредственного участия в подготовке законопроекта о подоходном налоге. В результате в 1906 г. В. Б. Лопухин проявил «охоту» не только «к перемене мест», но и к «возвращению на круги своя», вернувшись 12 мая этого года в Министерство финансов и став начальником отделения Департамента окладных сборов.

Во второй период своей службы в Министерстве финансов В. Б. Лопухин в 1908 г. женился во второй раз – его избранницей явилась дочь генерал-лейтенанта Наталья Матвеевна Поливанова (1882 года рождения), мать которой, княжна Пелагея Алексеевна Кропоткина, принадлежала, как когда-то жена Редеди Касожского, к роду Рюриковичей. Второй брак В. Б. Лопухина оказался более счастливым. От этого брака у него родились сын Борис (1910) и дочь Марина (1911), впоследствии ставшая женой князя А. П. Вяземского[25].

В 1909 г. В. Б. Лопухин, как представитель Министерства финансов, участвовал в заседаниях межведомственной комиссии под председательством товарища министра иностранных дел Н. В. Чарыкова, занимавшейся обсуждением вопроса о реформировании штатов центральных учреждений МИД. Назначение В. Б. Лопухина в эту комиссию произошло по инициативе директора Департамента личного состава и хозяйственных дел МИД барона К. К. Буксгевдена, который, услышав от В. А. Березникова, своего сослуживца и друга В. Б. Лопухина, о его редакторских талантах, решил возложить на него составление записки о реформе штатов. Пребывание В. Б. Лопухина в упомянутой комиссии стало этапом на пути к его возвращению в дипломатическое ведомство. В 1910 г. он был назначен делопроизводителем Департамента личного состава и хозяйственных дел МИД, в июне 1914 г. преобразованного в 1-й Департамент.