Поведение земельных магнатов соответствовало их богатству и независимости. Время от времени они манипулировали механизмом местного управления. К концу века, например, Алексей Капандритис – магнат из Западных Балкан – захватил богатую вдову, возвращавшуюся к своим родителям, и вынудил ее выйти за него замуж. Такие действия были вдвойне незаконны не только по причине примененного насилия, но и потому, что они состояли в запрещенной степени родства. Тем не менее Капандритис заставил архонтов (высших должностных лиц) этого региона, которые были его родственниками, и местного епископа свидетельствовать о том, что никакого принуждения не было. Землевладельцы, которые использовали свое официальное положение с целью увеличить свое богатство, часто охотились за монастырскими землями. Так, Иоанн Карантенос – primikerios (управляющий или пристав) провинции Миласа и Меланудион на юго-западе Малой Азии – взял в аренду часть собственности монахов монастыря Святого Павла на горе Латрос. Затем он отказался вносить арендную плату или возвращать им их собственность; более того, его наследники удерживали ее после его смерти. Даже вмешательство императора не помогло быстро добиться восстановления монахов в правах.

Такое успешно осуществляемое открытое пренебрежение законом предвещало крах централизованной власти в империи.

Успехи таких насильственных действий поощряли землевладельцев идти дальше к полному отделению от империи. После смерти Мануила Комнина к власти приходили слабые и неуверенные правители. Константинополь, разрываемый фракционной борьбой и попытками государственных переворотов против власти императора, не проявлял интереса к благосостоянию провинциалов. В результате, когда богатый магнат решал нанести удар самостоятельно, он мог рассчитывать на поддержку более мелких землевладельцев, сельское население и жителей маленьких городов. Такой местный сепаратизм проявлялся неоднократно. Город-крепость Филадельфия, которая охраняла верхнюю часть долины Меандра, когда-то была центром, верным династии Комнинов. Тем не менее Феодор Манкафа в 1188 г. убедил ее жителей поднять восстание, провозгласил себя императором, чеканил серебряные монеты от своего имени, и казалось, что он собирается основать независимое государство. В других уголках Малой Азии после смерти Алексея II претенденты на его имя получали широкую поддержку. Турецкие султаны Коньи поддерживали такие движения ради своих целей. В Греции Лев Сгур стал независимым от Навплии и постепенно распространил свою власть на Коринф и Фивы. Восстание валахских магнатов Петра и Асеня отличалось от похожих движений только тем, что они могли взывать к стремлению к национальной независимости населения и заманивать людей воспоминаниями о Первом Болгарском царстве. Таким образом им удалось привлечь на свою сторону последователей, а их действия обрели слабое подобие законности. Правительство империи без энтузиазма боролось с этим центробежным давлением.

В то время как землевладельцы становились сильнее, крестьяне вряд ли могли процветать. Свободные земледельцы X в., которые жили в общинах и платили налоги напрямую государству, теперь почти ушли в прошлое. Обычный крестьянин был paroikos – фактически крепостной, который обрабатывал землю, принадлежавшую монастырю или крупному землевладельцу. Когда земля переходила в другие руки, такие крепостные переходили в другие руки вместе с ней. Все налоги, ранее выплачиваемые государственным чиновникам, теперь собирал землевладелец, который мог передать их властям, а мог и не передать. Самые низшие категории paroikoi не были подданными государства и не имели доступа в общественные суды. Они сильно страдали от угнетения со стороны своих землевладельцев. Приблизительно в 1197 г. султан Коньи создал колонию для византийских беженцев неподалеку от Филомелиона и гарантировал ее обитателям освобождение от налогов и благоприятные условия пребывания там. Целые византийские общины добровольно перешли границу, чтобы жить в этом полурае. В 1204 г. латинян-завоевателей радушно встречали во многих местах, но бывших византийских аристократов, бежавших в нищете и наготе из оккупированной столицы, крестьяне делали объектами для насмешек. Официальные попытки провести реформу ни к чему не привели; сельское население было отчуждено от империи.