Несмотря на физическую слабость, император продемонстрировал свою не уменьшающуюся умственную силу, начав богословский спор. От любого мусульманина, обращенного в христианство, требовалось отречься от своей веры в бога Мухаммеда как истинного Бога, который и не породил никого, и сам не был рожден. Мануил считал такое экстремальное отвержение оскорбительным для потенциальных новообращенных и еще до марта 1180 г. предложил убрать его из катехизиса и надписи в Святой Софии. Духовенство немедленно отреагировало, и, когда император попытался перехитрить их, издав гражданский указ, общественное мнение сделало его распоряжение недействительным. Разгневанный таким противодействием и своей болезнью, Мануил собрал епископов в Скутари в мае 1180 г. и пригрозил им собрать полный собор, включая папу римского, так как, по его словам, существующая формулировка отлучает от церкви Самого Бога. Евстафий, митрополит Солунский, поддержанный патриархом Феодосием, высказался против предложения императора. Спор продолжался, но после проволочек и увиливаний Мануила обе стороны осознали необходимость прийти к компромиссу. Соглашение, заключенное в мае 1180 г., исключило былое предание анафеме бога Мухаммеда; новообращенные вместо этого должны были проклясть самого Мухаммеда, его учение и его последователей. Император одержал победу в том, что убрал оскорбительные упоминания мусульманского Бога, тем самым облегчив путь для новообращенных, а епископы предотвратили любое обвинение в том, что Аллах – это еще одно имя христианского Бога, как явствует из православного катехизиса.

В то время как Мануил боролся с иерархами, он также прикладывал большие усилия в дипломатии. Наша информация об этой его деятельности исходит в основном от Вильгельма Тирского, который в 1179 г. возвратился с Третьего Латеранского собора, который проходил в Риме, и добрался до Константинополя в конце сентября. Там он вел беседы от имени папы Александра, хотя и неизвестно, какое именно дело у него было к императору. (Находясь в городе, он имел возможность видеть бракосочетания юного Алексея и Марии Порфирородной.) Вильгельм понимал греческий, и Мануил уважал эту его способность и знал, что Вильгельм занимает высокое положение в Иерусалиме. Архиепископ свидетельствует, что правитель осыпал его и его епархию привилегиями. 23 апреля 1180 г. он получил разрешение возвратиться в Палестину вместе с посольством Византии, состоявшим из знатных и известных людей. 12 мая четыре имперские галеры достигли порта Антиохии.

Вильгельм сообщает нам, что император доверил ему некую миссию к князю Боэмунду III и патриарху Эмери. Боэмунд незадолго до этого сочетался браком с Феодорой Комниной и, очевидно, был с ней еще в хороших отношениях. Как полагал Мануил, он мог быть сговорчивым, услышав предложения от Византии. То, что Эмери был тем, кто должен был принимать посольство, следовало из его необычного положения: будучи патриархом с 1139 г. (Боэмунд правил всего лишь с 1163 г.), Эмери был гордым, амбициозным и искусным политиком, а его авторитет и власть в Антиохии равнялись авторитету и власти самого князя. В 1159 г., когда Мануил контролировал Антиохию, Эмери сотрудничал с ним, хотя согласие между ними было нарушено появлением греческого патриарха наряду с латинским. Эта причина разлада, однако, уже давно исчезла, и император свободно обращался к обоим обладателям власти в княжестве. Какой именно была тема переговоров, Вильгельм на раскрывает.

Из Антиохии Вильгельм отправился в Бейрут, где встретился с королем Иерусалима Балдуином IV, с которым он и византийские посланники, очевидно, вели дела. Вильгельм просто пишет, что он вернулся в Тир 6 июля. Однако какая-то важная просьба была передана Балдуину, так как тот отправил в Константинополь посланника – своего дядю Жослена де Куртене, королевского сенешаля. О его миссии ничего не известно, за исключением того, что он поехал по поручению короля, остался в Константинополе и после смерти Мануила и все еще находился там 1 марта 1181 г. в обстановке заговоров, среди которых находился Алексей II.